每三百男丁編為一牛彔，設牛彔額真一人；五牛彔編為一甲喇，設甲喇額真一人，領一千五百人；五甲喇編一固山，設固山額真一人，梅勒額真二人，領七千五百人。當時的固山額真都是和碩貝勒，世稱八大王，八家各置官屬共議國政。
順治十七年 (公元 1660 年) 起，八旗各級官員逐漸改用漢稱。固山額真漢字稱都統，梅勒章京漢字稱副都統，甲喇章京漢字稱參領，牛彔章京漢字稱佐領 (清太宗天聰八年，即公元 1634 年，規定除固山額真外，皆以「章京」為稱)。至乾隆時，八旗兵制進一步完善，規定：
1. 八旗都統，滿洲、蒙古、漢軍旗各一人；
2. 副都統每旗各二人；
3. 八旗驍騎參領，滿洲旗各五人，蒙古旗各二人，漢軍旗各五人；副驍騎參領如參領之數；
4. 八旗佐領，滿洲八旗共六百四十人，蒙古八旗共二百零四人，漢軍八旗共二百六十六人。
乾隆以後，下迄清末，八旗兵制很少變化。
滿清入關前，旗人對於旗主，份屬君臣，除了從事生產，還要納稅、服役、當兵。入關後，八旗兵分為京營和駐防兩類，分別負責守衛京師和屯駐各地。
八旗兵制有三大特色：
A. 兵民合一：八旗兵制是一種兵民合一的組織，具有軍事、行政和生產三方面的職能，旗 (人男) 丁「出則為兵 (備戰)，入則為民 (務農)。
B. 族主位尊：各旗旗主，均由努爾哈赤的子侄親屬充任，在本旗內，地位有如君主，旗丁必須完全服從旗主的命令。
C. 軍紀嚴明：八旗兵訓練嚴格，且需遵守不少禁令，如不准與漢人來往，不准為工為商等。
滿清入關後，八旗各營變成純粹軍事組織，八旗兵成為職業兵。又朝廷縱容大規模圈地，令八旗子弟腐化，生活奢華安逸，失去勇武之風，漸成國家負累。八旗兵制逐步廢弛，終為綠營兵所取代。
綠營兵 (以綠旗為標誌，以營為單位) 是清入關後最早建立的漢人軍隊 (《清朝文獻通考》：「綠旗各營兵由於召募」)，旨在彌補八旗兵的不足，並鎮守疆土。康熙平三藩，所仗賴的主要軍力即為綠營兵。
綠營兵不久亦敗壞 (吸食鴉片導致體質下降)，太平天國之亂，曾國藩奉諭舉辦團練，招募湘勇三營，嚴加訓練，建立湘軍。李鴻章也用類似的編制建立淮軍。地方鄉勇平定太平天國之亂後，復平粵平稔，成為清中葉軍力之骨幹。
淮軍系統在甲午戰敗，清廷無兵可用，袁世凱於天津小站練兵，號新建陸軍 (即北洋陸軍)。武昌起義爆發，清廷依靠北洋陸軍鎮壓，袁世凱卒之手握軍政大權，最終迫清帝遜位。
