他首先以大儒方孝孺為「翰林院侍講」。
秋七月，召漢中府教授方孝孺為翰林院侍講。(《明史‧恭閔帝紀》)
其次，他下詔施行寬仁的政策，赦免過往犯罪的囚徒，並減輕賦稅。
詔行寬政，赦有罪，蠲逋賦。(《明史‧恭閔帝紀》)
元年刑部報囚，減太祖時十三矣。(《明史‧刑法志》)
儘管他在洪武三十一年 (公元 1398 年) 八月厲行「削藩」，廢周王朱橚為庶人，他同時善待「興州、營州、開平諸衛軍全家在伍者」、「天下衛所軍單丁者」，大有偃武修文的傾向。
八月，周王橚有罪，廢為庶人，徙雲南。詔興州、營州、開平諸衛軍全家在伍者，免一人。天下衛所軍單丁者，放為民。(《明史‧恭閔帝紀》)
「削藩」本來需要強大的軍事實力作為後盾。今燕王秣馬厲兵，相比之下，建文帝此舉明顯寬仁有餘，思慮不足，無異於自斷一臂。
雖然他不久嘗試作出補救，以工部侍郎張昺為北平布政使，謝貴、張信為北平都指揮使司，仔細監察朱棣的一舉一動。
冬十一月，工部侍郎張昺為北平布政使，謝貴、張信掌北平都指揮使司，察燕陰事。(《明史‧恭閔帝紀》)
可是，軍事偵察是一回事，安排足夠兵力以應對偵察所得又是另外一回事。前者不能代替後者。張昺、謝貴後來被燕王所殺，這正是建文帝做法失當所引致的。
(建文元年，公元1399 年) 秋七月癸酉，燕王棣舉兵反，殺布政使張昺、都司謝貴。(《明史‧恭閔帝紀》)
不過，建文帝仍重視對「山林才德之士」的選拔。
詔求直言，舉山林才德之士。(《明史‧恭閔帝紀》)
且減免天下田租，釋放士兵、囚犯還鄉。
是月 (案：指洪武三十一年十二月)，賜天下明年田租之半，釋黥軍及囚徒還鄉里。(《明史‧恭閔帝紀》)
這皆有助民心的歸趨。
暹羅、占城的入貢，更反映明朝與東南亞各國關係友好。
是年，暹羅、占城入貢。(《明史‧恭閔帝紀》)
又建文帝為人孝義，重視人才，體恤年長的老百姓，照顧「鰥寡孤獨廢疾者」。
建文元年春正月癸酉，受朝，不舉樂。庚辰，大祀天地於南郊，奉太祖配。修《太祖實錄》。二月，追尊皇考曰孝康皇帝，廟號興宗，妣常氏曰孝康皇后。尊母妃呂氏曰皇太后，冊妃馬氏為皇后。封弟允熥為吳王，允熞衡王，允熙徐王。立皇長子文奎為皇太子。(《明史‧恭閔帝紀》)
詔告天下，舉遺賢。(《明史‧恭閔帝紀》)
賜民高年米肉絮帛，鰥寡孤獨廢疾者官為牧養。(《明史‧恭閔帝紀》)
且獎勵農桑，興辦學校，裁汰冗官，賑濟災民。
重農桑，興學校，考察官吏，振罹災貧民。(《明史‧恭閔帝紀》)
移風易俗，減免田租，精簡軍隊，改定官制。
旌節孝，瘞暴骨。(《明史‧恭閔帝紀》)
蠲荒田租。衛所軍戶絕都除勿勾。(《明史‧恭閔帝紀》)
詔諸王毋得節制文武吏士，更定內外大小官制。(《明史‧恭閔帝紀》)
凡此種種，皆與孟子的政治主張不謀而合。孟子曾說：
五畝之宅，樹之以桑，五十者可以衣帛矣；雞豚狗彘之畜，無失其時，七十者可以食肉矣；百畝之田，勿奪其時，數口之家可以無飢矣；謹庠序之教，申之以孝悌之養，頒白者不負戴於道路矣。七十者衣帛食肉，黎民不飢不寒，然而不王者，未之有也。(《梁惠王上》)
王如施仁政於民，省刑罰，薄稅斂，深耕易耨。壯者以暇日修其孝悌忠信，入以事其父兄，出以事其長上，可使制梃以撻秦楚之堅甲利兵矣。彼奪其民時，使不得耕耨以養其父母，父母凍餓，兄弟妻子離散。彼陷溺其民，王往而征之，夫誰與王敵？故曰：『仁者無敵。』王請勿疑！(《梁惠王上》)
又說：
老吾老，以及人之老；幼吾幼，以及人之幼。天下可運於掌。《詩》云：『刑于寡妻，至于兄弟，以御于家邦。』言舉斯心加諸彼而已。故推恩足以保四海，不推恩無以保妻子。(《梁惠王上》)
對比明太祖痛恨孟子談「革命」、打算將孟子的牌位搬出孔廟，建文帝確然更能遵行儒家的治國理想，為一「聖君」的典範。
只可惜為政從來不能單靠道德，它更需要統治者擁有一定的政治智慧，懂得審時度勢，作出合適的選擇。建文帝於此一方面的表現遜於燕王朱棣，這是他日後痛失江山的主要原因 (明朝亦因此無法轉型成「文治政府」，且下開宗室骨肉相殘的慘劇)。
