(洪武三十一年，即公元 1398 年，十一月) 乃以工部侍郎張昺為北平左布政使，以謝貴為都指揮使，俾察燕王動靜，圖之。(《明史紀事本末》＜燕王起兵＞)
建文元年 (公元 1399 年) 春正月，燕王遣長史葛誠入奏事，帝密問燕邸事，誠具以實告。(《明史紀事本末》＜燕王起兵＞)
有一徐輝祖，乃明朝開國元勳徐達的長子，燕王妃徐氏的兄長。其竟以燕事密告之建文帝，藉此博取建文帝的信用。
魏國公徐輝祖，燕王妃同產兄也，時以燕事密告之帝，大見信用，詔加太子太傅，與李景隆同掌六軍，協謀圖燕。(《明史紀事本末》＜燕王起兵＞)
面對潛伏在四周的危機，燕王只能夠裝瘋扮傻，力求自保。
王內自危，佯狂稱疾。(《明史‧成祖紀》)
建文元年 (公元 1399 年) 六月是一個重要的轉捩點。燕山護衛百戶倪諒告變，致使燕王府官僚相繼被逮捕。燕王於是「稱疾篤」，密謀對策。
己酉，燕山護衛百主戶倪諒上變，燕旗校於諒等伏誅。詔讓燕王棣，逮王府官僚。(《明史‧恭閔帝紀》)
建文元年六月，燕府護衛百戶倪諒上變。詔逮府中官屬。(《明史‧姚廣孝傳》)
六月，燕山護衛百戶倪諒上變，告燕官校於諒、周鐸等陰事，逮繫至京，皆僇之。有詔責燕王。王乃佯狂稱疾，走呼市中，奪酒食，語多妄亂，或臥土壤，彌日不甦。張昺、謝貴入問疾，王盛夏圍爐搖顫曰：「寒甚。」宮中亦杖而行。朝廷稍信之。(《明史紀事本末》＜燕王起兵＞)
幸好道衍早在變故發生前已經完成戰爭準備。
及太祖崩，惠帝立，以次削奪諸王。周、湘、代、齊、岷相繼得罪。道衍遂密勸成祖舉兵。成祖曰：「民心向彼，奈何？」道衍曰：「臣知天道，何論民心。」乃進袁珙及蔔者金忠。於是成祖意益決。陰選將校，勾軍卒，收材勇異能之士。燕邸，故元宮也，深邃。道衍練兵後苑中。穴地作重屋，繚以厚垣，密甃翎甋瓶缶，日夜鑄軍器，畜鵝鴨亂其聲。(《明史‧姚廣孝傳》)
燕王世子朱高熾 (後來的明仁宗) 及其弟朱高煦、朱高燧亦遠離應天府，重返北平 (這表示建文帝無法以手持人質要脅燕王)。
(建文元年，四月) 遣燕王世子高熾及其弟高煦、高燧還北平。(《明史‧恭閔帝紀》)
夏四月，太祖小祥，燕王遣世子及其弟高煦、高燧入臨。或曰：「不宜偕往。」王曰：「令朝廷勿疑也。」及至京，齊泰請並留之。黃子澄曰：「不可。疑而備之，殆也，不若遣還。」世子兄弟，皆魏國公徐輝祖甥。輝祖察高煦有異志，密奏曰：「三甥中，獨高煦勇悍無賴，非但不忠，且叛父，他日必為大患。」帝以問輝祖弟增壽及駙馬王寧，皆庇之，乃悉遣歸國。高煦陰入輝祖廄，取其馬以行，輝祖使人追之，不及。初，世子入京，燕王大憂悔，暨歸，喜曰：「吾父子復得相聚，天贊我也。」已而燕兵起，高煦戮力為多。帝曰：「吾悔不用輝祖之言！」(《明史紀事本末》＜燕王起兵＞)
北平都指揮張信又向燕王投誠。
北平都指揮張信叛附於燕。(《明史‧恭閔帝紀》)
以北平都指揮張信為燕王舊所信任，密敕之，使執燕王。信受命，憂甚，不敢言。母疑問之，信以告。母驚曰：「不可。吾故聞燕王當有天下。王者不死，非汝所能擒也。」信益憂未決。亡何，敕使趣之，信艴然曰：「何太甚也！」乃往燕邸請見，不得入，乘婦人車，逕至門求見。乃召入，拜於牀下。燕王佯為風疾，不能言。信曰：「殿下無爾也。有事，當以告臣。」燕王曰：「疾，非妄也。」信曰：「殿下不以情語臣，上擒王矣，當就執；如有意，勿諱臣。」燕王見其誠，下拜曰：「生我一家者子也！」(《明史紀事本末》＜燕王起兵＞)
燕王於是命令大將張玉、朱能暗中招納勇士八百人入府守衛。七月，燕王安排勇士藏匿於端禮門，以殺害張昺、謝貴、葛誠等人，同時起兵自立。
秋七月癸酉，燕王棣舉兵反，殺布政使張昺、都司謝貴。長史葛誠、指揮盧振、教授余逢辰死之。(《明史‧恭閔帝紀》)
都指揮使謝貴、布政使張昺以兵守王宮。王密與僧道衍謀，令指揮張玉、硃能潛納勇士八百人入府守衛。秋七月癸酉，匿壯士端禮門，紿貴，昺入，殺之，遂奪九門。(《明史‧成祖紀》)
燕王起兵，純粹為勢所迫。然而，出師不可以無名，其於是上書指斥齊泰、黃子澄為奸臣，繼而援引《皇明祖訓》「朝無正臣，內有奸惡，則親王訓兵待命，天子密詔諸王統領鎮兵討平之」，以「清君側，靖內難」為理由舉兵。
上書天子指泰、子澄為奸臣，並援《祖訓》「朝無正臣，內有奸惡，則親王訓兵待命，天子密詔諸王統領鎮兵討平之」。書既發，遂舉兵。自署官屬，稱其師曰「靖難」。(《明史‧成祖紀》)
兵起，以誅齊泰、黃子澄為名，號其眾曰「靖難之師。」(《明史‧姚廣孝傳》)
《明史紀事本末》收錄有燕王上書的原文：
皇考太祖高皇帝艱難百戰，定天下，成帝業，傳之萬世，封建諸子，鞏固宗社，為盤石計。奸臣齊泰、黃子澄包藏禍心，橚、榑、柏、桂、楩五弟，不數年間，並見削奪。柏尤可憫，闔室自焚。聖仁在上，胡寧忍此！蓋非陛下之心，實奸臣所為也。心尚未足，又以加臣。臣守藩於燕，二十餘年，寅畏小心，奉法循分。誠以君臣大分，骨肉至親，恒思加慎，為諸王先。而奸臣跋扈，加禍無辜。執臣奏事人，棰楚刺熱，備極苦毒，迫言臣謀不軌。遂分宋忠、謝貴、張昺等於北平城內外，甲馬騎突於街衢，鉦鼓喧鞠於遠邇，圍守臣府。已而護衛人執貴、昺，始知奸臣欺詐之謀。竊念臣於孝康皇帝，同父母兄弟也，今事陛下，如事天也。譬伐大樹，先剪附枝，親藩既滅，朝廷孤立，奸臣得志，社稷危矣。臣伏睹《祖訓》有云：「朝無正臣，內有奸惡，則親王訓兵待命，天子密詔諸王統領鎮兵討平之。」臣謹俯伏俟命。(＜燕王起兵＞)
《皇明祖訓》原為明太祖朱元璋訓誡子孫的書籍，於洪武六年 (公元 1373 年) 首次頒布。朱棣據父親留下的訓誡語以合理化其出師舉動，這是非常高明的一著。
又朱棣舉兵未幾，來降者眾。居庸關、懷來、薊州等地相繼陷落，士兵人數迅速增長，更令燕軍聲勢一時無兩。
參政郭資、副使墨麟、僉事呂震等降於燕。(《明史‧恭閔帝紀》)
指揮馬宣走薊州，僉瑱走居庸。宋忠趨北平，聞變退保懷來。通州、遵化、密雲相繼降燕。丙子，燕兵陷薊州，馬宣戰死。己卯，燕兵陷居庸關。甲申，陷懷來，宋忠、俞瑱被執死，都指揮彭聚、孫泰力戰死，永平指揮使郭亮等叛降燕。(《明史‧恭閔帝紀》)
拔居庸關，破懷來，執宋忠，取密雲，克遵化，降永平。二旬眾至數萬。(《明史‧成祖紀》)
建文帝遂於八月「削燕屬籍」，且以長興侯耿炳文為征虜大將軍，駙馬都尉李堅、都督甯忠為左、右副將軍，領兵伐燕。
長興侯耿炳文為征虜大將軍，駙馬都尉李堅、都督甯忠為左、右副將軍，帥師討燕。祭告天地宗廟社稷，削燕屬籍。詔曰：「邦家不造，骨肉周親屢謀僭逆。去年，周庶人橚僭為不軌，辭連燕、齊、湘三王。朕以親親故，止正橚罪。今年齊王榑謀逆，又與棣、柏同謀，柏伏罪自焚死，榑已廢為庶人。朕以棣於親最近，未忍窮治其事。今乃稱兵構亂，圖危宗社，獲罪天地祖宗，義不容赦。是用簡發大兵，往致厥罰。咨爾中外臣民軍士，各懷忠守義，與國同心，掃茲逆氛，永安至治。」(《明史‧恭閔帝紀》)
八月，天子以耿炳文為大將軍，帥師致討。(《明史‧成祖紀》)
補充一點，燕軍誓師當日，天色並不理想，全賴道衍機智，險象才得以化解。
適大風雨至，檐瓦墮地，成祖色變。道衍曰：「祥也。飛龍在天，從以風雨。瓦墮，將易黃也。」(《明史‧姚廣孝傳》)
適暴風雨，簷瓦墮，燕王心惡之，色不懌。道衍以為祥。王謾罵：「和尚妄，烏得祥！」道衍曰：「殿下不聞乎？『飛龍在天，從以風雨』。瓦墜，天易黃屋耳！」王喜。(《明史紀事本末》＜燕王起兵＞)
