《六祖壇經》的第三篇為＜疑問品＞。所謂「疑問」，即是「疑難」和「問題」的意思。慧能究竟要助人解決什麼「疑難」和「問題」呢？大概言之，包括：
一、 「造寺度僧，佈施設齋」是否建立功德？
二、 「念阿彌陀佛」果能令自己來世於西方出生？
＜疑問品第三＞首先記曰：
一日，韋刺史為師設大會齋。齋訖，刺史請師升座，同官僚士庶肅容再拜，問曰：弟子聞和尚說法，實不可思議。今有少疑，願大慈悲，特為解說。
師曰：有疑即問，吾當為說。
韋公曰：和尚所說，可不是達摩大師宗旨乎？
師曰：是。
公曰：弟子聞達摩初化梁武帝，帝問云：朕一生造寺度僧，布施設齋，有何功德？達摩言：實無功德。弟子未達此理，願和尚為說。
師曰：實無功德。勿疑先聖之言。武帝心邪，不知正法，造寺度僧，布施設齋，名為求福，不可將福便為功德。功德在法身中，不在修福。
此慧能藉著「達摩見梁武帝」的故事以解決疑問一。
且說禪宗第一代祖師達摩曾至金陵 (今江蘇南京) 與梁武帝相見，與之共談佛法。
梁武帝對佛教甚為篤信，曾捨身入「同泰寺」為僧，又大肆興建佛寺、佛像。其見達摩東來，遂問達摩：「朕一生造寺度僧，佈施設齋，有何功德？」
梁武帝心中之想法，自是暗藏以下的前提：成就功德、「造寺度僧，佈施設齋」是緊密相連的，後者越作得多，前者所得越多。
然而，達摩不同意這一「潛台辭」
(他認為這乃「武帝心邪，不知正法」所致)。按照達摩的見解，「造寺度僧，佈施設齋」只是求福的一種，不是在成就功德。成就功德之關鍵另有所在：法身
(即內在固有之佛性) 之彰顯。
我們可說，「『造寺度僧，佈施設齋』不是建立功德，只是求福」、「成就功德當依賴於法身」乃達摩思想之宗旨，而為慧能所承繼。
師又曰：見性是功，平等是德。念念無滯，常見本性，真實妙用，名為功德。內心謙下是功，外行於禮是德。自性建立萬法是功，心體離念是德。不離自性是功，應用無染是德。
若覓功德法身，但依此作，是真功德。若修功德之人，心即不輕，常行普敬。心常輕人，吾我不斷，即自無功。自性虛妄不實，即自無德，為吾我自大，常輕一切故。
善知識，念念無間是功，心行平直是德。自修性是功，自修身是德。善知識，功德須自性內見，不是布施供養之所求也。是以福德與功德別。武帝不識真理，非我祖師有過。
有人或問：何謂真正的「功德」？於此，慧能作出了進一步的回答。
慧能認為，真正的「功德」是指「念念無滯，常見本性，真實妙用」。換言之，般若智之時刻彰顯、發用，此即是成就真「功德」。
慧能又作了一個對比。
「功」是指：(1) 見性 (2) 內心謙下 (3) 自性建立萬法 (4) 不離自性 (5) 念念無間 (6) 自修性
「德」是指：(1) 平等 (2) 外行於禮 (3) 心體離念 (4) 應用無染 (5) 心行平直 (6) 自修身
慧能最後總結道：「功德須自性內見，不是佈施供養之所求也」，這可視為慧能思想之宗旨 (梁武帝之錯誤亦在於此)。
刺史又問曰：弟子常見僧俗念阿彌陀佛，願生西方。請和尚說，得生彼否？願為破疑。
師言：使君善聽，惠能與說。世尊在舍衛城中，說西方引化經文，分明去此不遠。若論相說里數，有十萬八千，即身中十惡八邪，便是說遠。說遠為其下根，說近為其上智。人有兩種，法無兩般。迷悟有殊，見有遲疾。迷人念佛，求生於彼；悟人自淨其心。所以佛言：「隨其心淨，即佛土淨」。
使君東方人，但心淨即無罪。雖西方人，心不淨亦有愆。東方人造罪，念佛求生西方；西方人造罪，念佛求生何國？凡愚不了自性，不識身中淨土，願東願西，悟人在處一般。所以佛言：隨所住處恒安樂。使君心地但無不善，西方去此不遙。若懷不善之心，念佛往生難到。
此慧能破解疑問二。
事緣當時不少僧人、俗人以造孽過多為憾事，故紛紛口念「阿彌陀佛」，希望來世生於西方佛國，以得解脫。韋刺史頗懷疑此做法的成效，問教於慧能，慧能於是替他說破。
慧能認為，成佛、解脫之關鍵不在人所生之地方，而在人能否「自淨其心」、「自識身中淨土」。依此而推，慧能開出兩個結論：
一、 「念阿彌陀佛」能否必然令人於來世在西方出生，這固然不可知。
二、 即使退一步，「念阿彌陀佛」必然保證人於來世在西方出生，這依然無助於人進入佛境，成就解脫。
疑問二至此被慧能徹底消解。
今勸善知識，先除十惡，即行十萬；後除八邪，乃過八千。念念見性，常行平直，到如彈指，便覩彌陀。使君但行十善，何須更願往生。不斷十惡之心，何佛即來迎請？若悟無生頓法，見西方只在剎那，不悟念佛求生，路遙如何得達。惠能與諸人移西方如剎那間，目前便見，各願見否？
此慧能繼續強調成佛之關鍵在：人能否「自淨其心」，即彰顯自身固有之般若智。
慧能以為，倘若人能「先除十惡」、「後除八邪」、「念念見性，常行十直」，其即可在剎那間進入西方淨土，不用刻意「念佛求生」。
相反，若人「不斷十惡之心」，念念執著，其即使汲汲於「念佛求生」，佛境、淨土仍與他相距甚遠，不易到達。
眾皆頂禮云：若此處見，何須更願往生。願和尚慈悲，便現西方，普令得見。
師言：大眾，世人自色身是城，眼耳鼻舌是門。外有五門，內有意門。心是地，性是王。王居心地上。性在王在，性去王無。性在身心存，性去身心壞。佛向性中作，莫向身外求。自性迷即是眾生，自性覺即是佛。慈悲即是觀音。喜捨名為勢至。能淨即釋迦。平直即彌陀。人我是須彌。邪心是海水。煩惱是波浪。毒害是惡龍。虛妄是鬼神。塵勞是魚鱉。貪瞋是地獄。愚癡是畜生。
善知識，常行十善，天堂便至。除人我，須彌倒。去邪心，海水竭。煩惱無，波浪滅。毒害忘，魚龍絕。
自心地上覺性如來，放大光明。外照六門清淨，能破六欲諸天。自性內照，三毒即除。地獄等罪，一時消滅。內外明徹，不異西方。不作此修，如何到彼？
大眾聞說，了然見性，悉皆禮拜，俱歎善哉！唱言：普願法界眾生，聞者一時悟解。
綜合上述話語，可以看出慧能若干的看法：
一、 眾生、佛之分野在於自性之覺 / 迷，不假外求。
二、 海水、波浪、惡龍、鬼神、魚鰲、地獄、畜生等現象，源於人心之邪惡、煩惱、毒害、虛妄、塵勞、貪嗔、愚痴。人心一旦有所覺悟，佛性藉般若智以展現時，「三毒即除。地獄等罪，一時消滅。內外明徹，不異西方」。
＜疑問品第三＞最後記曰：
師言：善知識，若欲修行，在家亦得，不由在寺。在家能行，如東方人心善。在寺不修，如西方人心惡。但心清淨，即是自性西方。
韋公又問：在家如何修行，願為教授。師言：吾與大眾說無相頌，但依此修，常與吾同處無別。若不作此修，剃髮出家，於道何益？頌曰：
心平何勞持戒，行直何用修禪。
恩則孝養父母，義則上下相憐。
讓則尊卑和睦，忍則眾惡無喧。
若能鑽木出火，淤泥定生紅蓮。
苦口的是良藥，逆耳必是忠言。
改過必生智慧，護短心內非賢。
日用常行饒益，成道非由施錢。
菩提只向心覓，何勞向外求玄。
聽說依此修行，西方只在目前。
師復曰：善知識，總須依偈修行，見取自性，直成佛道。法不相待，眾人且散，吾歸曹溪，眾若有疑，卻來相問。
時，刺史官僚，在會善男信女，各得開悟，信受奉行。
由於成佛之關鍵在：人能否「自淨其心」(即彰顯自身固有之般若智)，修行因此不一定需要在佛寺中進行，而可在家中進行。
佛家本主張出家離世，今慧能按照其對佛法之理解，推出「若欲修行，在家亦得，不由在寺」的意見，這可謂衝開了佛家之樊籬，而為日後之宋明理學佈下一伏筆。
馮友蘭曾說，禪宗的出現為宋明理學下了一轉語 (見《中國哲學史新編》)，馮氏之說甚為允當。
