裴炎死後，朝中反對武后之勢力相繼被肅清。
（光宅元年，公元六八四年）丁卯，郭待舉罷為左庶子；以鸞台侍郎韋方質為鳳閣侍郎、同平章事。方質，雲起之孫也。（資治通鑑卷二百零三）
十二月，劉景先又貶吉州員外長史，郭待舉貶岳州刺史。（資治通鑑卷二百零三）
垂拱元年（乙酉，公元六八五年）春，正月，戊辰，劉仁軌逝世。
戊辰，文昌左相、同鳳閣鸞台三品樂城文獻公劉仁軌薨。（資治通鑑卷二百零三）
仁軌生前，曾上疏求辭官，並陳呂后禍敗之事以規戒武后。
太后與劉仁軌書曰：「昔漢以關中之事委蕭何，今托公亦猶是矣。」仁軌上疏，辭以衰老不堪居守，因陳呂后禍敗之事以申規戒。（資治通鑑卷二百零三）
仁軌對於武后，可謂是一兩刃刀。其一方面對武后治國有所助益，但另一方面，其無疑阻礙著武后全面的控制朝政。
太后使秘書監武承嗣繼璽書慰諭之曰：「今以皇帝諒闇不言，眇身且代親政；遠勞勸戒，復辭衰疾。又云『呂氏見嗤於後代，祿、產貽禍於漢朝』，引喻良深，愧慰交集。公忠貞之操，終始不渝，勁直之風，古今罕比。初聞此語，能不惘然；靜而思之，是為龜鏡。況公先朝舊德，遐邇具瞻，願以匡救為懷，無以暮年致請。」（資治通鑑卷二百零三）
仁軌離世，武后固然少了一治國良才，但其所面對之阻礙同時也少了一分。
武后先後起用了武承嗣、裴居道、韋思謙、韋方質、騫味道。
庚戌，以騫味道守內史。（資治通鑑卷二百零三）
乙巳，以春官尚書武承嗣、秋官尚書裴居道、右肅政大夫韋思謙並同鳳閣鸞台三品。（資治通鑑卷二百零三）
壬申，韋方質同鳳閣鸞台三品。（資治通鑑卷二百零三）
至於李景諶、沈君諒、崔察，其雖曾為武后所重用，但最終卻被罷免。
李景諶罷為司賓少卿，以右史武康沈君諒、著作郎崔察為正諫大夫、同平章事。（資治通鑑卷二百零三）
正諫大夫、同平章事沈君諒罷。（資治通鑑卷二百零三）
三月，正諫大夫、同平章事崔察罷。（資治通鑑卷二百零三）
後來，騫味道因事被貶為青州刺史。
朝士有左遷詣宰相自訴者，內史騫味道曰：「此太后處分。」同中書門下三品劉禕之曰：「緣坐改官，由臣下奏請。」太后聞之，夏，四月，丙子，貶味道為青州刺史，加禕之太中大夫。謂侍臣曰：「君臣同體，豈得歸惡於君，引善自取乎！」（資治通鑑卷二百零三）
裴居道於是代替騫味道出任內史。納言王德真則流放象州。
五月，丙午，以裴居道為內史。納言王德真流象州。（資治通鑑卷二百零三）
納言的位置，改由蘇良嗣擔任。
己酉，以冬官尚書蘇良嗣為納言。（資治通鑑卷二百零三）
被武后重用者還有韋待價。
六月，天官尚書韋待價同鳳閣鸞台三品。待價，萬石之兄也。（資治通鑑卷二百零三）
徐思文。
太后以徐思文為忠，特免緣坐，拜司僕少卿。謂曰：「敬業改卿姓武，朕今不復奪也。」（資治通鑑卷二百零三）
魏玄同。
秋，七月，己酉，以文昌左丞魏玄同為鸞台侍郎、同鳳閣鸞台三品。（資治通鑑卷二百零三）
為了吸納更多新人才，武后又下令「制內外九品以上及百姓，咸令自舉」。
壬戌，制內外九品以上及百姓，咸令自舉。（資治通鑑卷二百零三）
當時唐室之處境其實並不理想。
溫州大水，流四千餘家。（資治通鑑卷二百零三）
括州大水，流二千餘家。（資治通鑑卷二百零三）
九月，丁卯，廣州都督王果討反獠，平之。（資治通鑑卷二百零三）
陳子昂曾上疏武后，暢論時弊。
麟台正字射洪陳子昂上疏，以為：「朝廷遣使巡察四方，不可任非其人，及刺史、縣令，不可不擇。比年百姓疲於軍旅，不可不安。」其略曰：「夫使不擇人，則黜陡不明，刑罰不中，朋黨者進，貞直者退；徒使百姓修飾道路，送往迎來，無所益也。諺曰：『欲知其人，觀其所使。』不可不慎也。」又曰：「宰相，陛下之腹心；刺史、縣令，陛下之手足；未有無腹心手足而能獨理者也。」又曰：「天下有危機，禍福因之而生，機靜則有福，機動則有祝，百姓是也。百姓安則樂其生，不安則輕其死，輕其死則無所不至，祆逆乘釁，天下亂矣！」又曰：「隋煬帝不知天下有危機，而信貪佞之臣，冀收夷狄之利，卒以滅亡，其為殷鑒，豈不大哉！」（資治通鑑卷二百零三）
依陳子昂之觀察，當時之流弊主要有二：
一、 宰相、刺史、縣令多「任非其人」。
二、 百姓疲於軍旅，未能被安頓。
其實，關於銓選之流弊，過往魏玄同亦曾向高宗言及。惜高宗不納，問題因此未得解決。
先是，玄同為吏部侍郎，上言銓選之弊，以為：「人君之體，當委任而責成功，所委者當，則所用者自精矣。故周穆王命伯冏為太僕正，曰：『慎簡乃僚。』是使群司各自求其小者，而天子命其大者也。乃至漢氏，得人皆自州縣補署，五府辟召，然後升於天朝，自魏、晉以來，始專委選部。夫以天下之大，士人之眾，而委之數人之手，用刀筆以量才，按簿書而察行，借使平如權衡，明如水鏡，猶力有所極，照有所窮，況所委非人而有愚闇阿私之弊乎！願略依周、漢之規以救魏、晉之失。」疏奏，不納。（資治通鑑卷二百零三）
武后臨朝稱制，實需面對一連串難以解決的問題。
垂拱二年（丙戌，公元六八六年）春，正月，武后正式臨朝稱制。不過，這可能正是艱難歲月的開始。
春，正月，太后下詔復政於皇帝。睿宗知太后非誠心，奉表固讓；太后復臨朝稱制。（資治通鑑卷二百零三）
