牟宗三另一哲學貢獻，是用「一心二門」的理論架構解決了科學與人生的問題。
這裡需交代一些背景。1923 – 24 年，中國學術界爆發了一場有關「科學與人生觀」的爭論，簡稱科玄論戰。胡適、丁文江等主張科學能解決人生觀問題，被稱為科學派。張君勱不同意，重申科學解決不了人生觀問題，科學可解決客觀、邏輯、分析、因果、普遍的問題，人生觀卻是主觀、直覺、綜合、自由意志、個體的問題。張與牟宗三是戰友，同簽＜中國文化與世界＞宣言，如何安頓科學與人生觀，乃牟念茲在茲。
在研讀佛家哲學的過程中，牟氏發現空宗有真俗二諦的觀念。佛家教人湼槃寂靜脫苦海，固然是真理，叫做真諦。但佛畢竟在世間，要生活，用禪宗的話就是運水搬柴，如何運水不致倒瀉，搬柴最好用什麼工具，佛也要知曉，這些都是道理，雖講不上真，卻是在這如幻如化的世界過活所不能缺少的，它們是道理，故名諦，卻是俗世的，故云俗諦。真諦好比人生哲理，俗諦好比科學知識，二者各自成理，同為心所覺知。
不過，從根本處看，人生哲理是較科學知識高一層的。因寡頭、無約制的科學知識可以被濫用，必須先有人生哲理來作一番指導，科學知識才對人類社會有益無害。那麼如何論證人生哲理較科學知識高一層？牟宗三借助了《起信論》的思考。《起信論》是華嚴宗的理論根據，簡言之，心本來清淨，開一切佛法，卻因無明介入而開種種生滅污染現象。真諦因此來自清淨心，俗諦是清淨心被無明染污的產物，是暫時的，非恆久的。以此架構處理科學與人生觀，儒釋道種種義理是由人的主體直接開出，至於科學知識，只是主體局限自己從事認知區分方才生起，牟宗三稱之為「坎陷」。科學知識是心「坎陷」而來，猶如染污法與俗諦是清淨心被無明覆蓋所致。對佛家的消化，令他有理論資源回答前人留下的哲學問題。
