錢穆並非學院派哲學家，亦未受過嚴格哲學訓練，其哲學有欠系統性，使用概念模糊不清，是可以理解的。今嘗試對其哲學作一總評騭，看看內裡有什麼具啟發性的洞見及局限，以及和當代新儒家的又有什麼不同。
「他山之石，可以攻玉」，透過和唐君毅、牟宗三理論的對比，益見錢穆哲學之獨特處。
先談形上學。
唐、牟致力發展道德形上學，對理、氣、太極、天道等的說明，實不離開人的道德實踐體驗。吾人之本心本性，具獨立自存的地位，為一道德創生實體，上通於生生不已的天理，與天理為一。「天人本無二，不必言合」，此乃唐、牟念茲在茲。
錢穆論理、氣、太極、天道等，卻將它們與人的道德實踐體驗劃開，前者屬「天」的領域，後者屬「人」的領域，天人合一，而非就是一。另外，「心體」、「性體」是從來不存在，天理是「在此萬事中抽出一共通條理」，而非創生實體，其因此必須依氣而有，言理亦必須即氣而言。
錢穆的形上學實際是一思辯、觀解的形上學，儘管在《莊子》中擷取資源豐富論述，二律背反的困境仍會出現，吾人可提出另一理論，視理為實體、滅滅不已為道之內容等。在道德形上學，可訴諸親身實踐體驗證實己說為對，他說為錯。但思辯、觀解的形上學只可訴諸理性 (rationality)，而理性在此是同時承認兩理論言之成理。二律背反為西方形上學一大難題，錢穆哲學也有這個問題 (不過，錢穆的形上學並無宇宙論中心，亦未犯從實然推出應然的弊病)。
以條理、分際釋性命，性顯然非道德主體性，其也不是從道德實踐的角度，而是由外部看命，無法說明道德意識與義務感。至於提出高一層的「道的觀點」，從道的眼光看，世間無分善惡，這相當於馮友蘭新理學的「天地境界」 (錢穆採馮友蘭見地處頗多，除「天地境界」，以條理釋理、接受「東方神秘主義」一詞亦出自馮氏)。問題是，假如欲建造一成德理論，理論本身應盡量培養、提高人的道德意識，「道的觀點」的提出，放下執著、成就豁達有餘，卻無法成全「擇善而固執之」，因有退路也。比觀之下，唐、牟扣緊道德本心以言性，本乎道德實踐以言命，亦不再提一「道的觀點」解消惡，直視惡為「理拗不轉氣」造成。凡此種種，都比錢穆來得完滿、純粹，更貼近儒家成德宗旨。
再談心性論。
牟宗三以道德本心為人內在固有，是先天的，其亦為一實體，故云「心體」。錢穆言心，則反對視心為本體，且強調心必須透過後天語言文字的學習，以及受中國歷史文化傳統的薰陶、古聖先賢人生智慧的啟迪，才能成為道德的。前者因而大講「不慮而知，不學而能」，只須立志發奮，自識本心，即把柄在手，自信自足。後者卻推崇孔子「十室之邑，必有忠信如丘者焉，不如丘之好學也」，教人博覽經史典籍，不要甘於做「一個起碼聖賢」，而該欲成為「傑出的聖賢，透格的聖賢」。
不過，錢穆重視真情實感。兼認心分人心、道心兩層，人心以食色為內容，是個別的；道心即良知至善，是超越的、公共的。道心時時刻刻對人心下命令，要求人心受其規範，聽其領導，人心不免有一種降臨與高壓之感。人心唯一可為者，是安命，安於道心所下命令，依之而行。這又和唐、牟的「兩層人性論」相近。
錢穆對心的看法，不易解釋第一位聖賢從何而來，亦難以說明《孟子》「舜之居深山之中，與木石居，與鹿豕遊，其所以異於深山之野人者幾希。及其聞一善言，見一善行，若決江河，沛然莫之能禦也。」然而，如他所說：「若湯、武必效堯、舜，一切必自率吾靈而始得謂之性，則天地永為上古之天地，性靈亦永為上古之性靈，人文演化，不見日新之妙矣。」就算舜不依靠語言文字以成德，不代表後世的人不用學習語言文字以成德。他更似是中間著墨，著眼於現今世代的人如何成就道德，其人性基礎在何。
人生哲學方面，錢穆要人別驕惰，應時刻讓生命有一方向，以嚴肅、謹慎的態度逐步奮進，此和新儒家沒兩樣。惟標出向前型人生，跟向後型人生作一對立，須知道人生不是非此即彼，人可重情念舊，同時對未來充滿憧憬，有種種規劃，錢穆於此犯了虛假二分的謬誤。
文化哲學上，以愛敬之情消融思維上的對立二分，視鬼神源自人的愛敬之情，反對錯認強力為生命本身，皆與唐君毅哲學有契合處 (見《人文精神之重建》)。可是，唐、牟皆認同「良知的自我坎陷」以開出科學。錢穆則覺得，心一旦轉入科學的認知模式，真情實感必有所抑制，繼而有所冷卻，再也無法熾熱起來。後者比較貼近我們常識的理解。
錢穆不只否定科學，更反對民主憲政，對政治自由、法治不甚了了，此令其政治哲學顯得迂腐守舊，未能適應新時代的需要。汲汲於復禮，繼承孔子遺教，但對統治者權力全無約束。這遠不如唐、牟承認民主憲政及法治的價值之餘，復提出儒家教化以作救濟、補充。陳祖為撰《儒家致善主義：現代政治哲學重構》，提出當代儒家該採納自由民主制度，並由儒家「善」的理念來塑造制度，以和自由民主制度互補長短。陳氏觀點基本上是唐、牟的延續，亦見錢穆政治見解已不合時宜。
尤其甚者，錢穆從內心情感向外伸舒言自由，將合理化歷史上血河淚海之無奈與悲涼。徐復觀曾說：
我和錢 (穆) 先生有相同之處，都是要把歷史中好的一面發掘出來。但錢先生所發掘的是兩千年的專制並不是專制，因而我們應當安住於歷史傳統政制之中，不必妄想什麼民主。而我所發掘的卻是以各種方式反抗專制，緩和專制，在專制中注入若干開明因素，在專制下如何多保持一線民族生機的聖賢之心，隱逸之節，偉大史學家、文學家面對人民的嗚咽呻吟，及志士仁人、忠臣義士，在專制中所流的血與淚。因而認為在專制下的血河淚海，不激盪出民主自由來，便永不會停止。(＜良知的迷惘＞)
只有「凡屬科學藝術文學宗教道德一切內心生活，屬於知識與情感之積極伸展者，都應該儘量讓其自由，而且也無往而不可得其儘量之自由的」，未嘗不可作為「政治自由」必須被捍衛的理由。
最後，從實然的歷史事象，找出應然的道德之理 (人類相互間的仁慈、體諒與同情，一番惻怛至誠)，牟宗三稱許羅夢冊的《孔子未王而王論》及其中的「歷史應然論」，唐君毅則說：
窮理之事，即知性之事。知性本為知自己之內在的心之體、心之性。然不接物而致其知、窮其理，又不能真昭顯此性而知性。故此即物窮理之事，如以粗俗之言喻之，實似人之心知之向於外之物理，以拉出其心之性理之事。如船上之一捲之繩索，將一頭拴在岸上，則船移，而繩皆自出。如以較文雅之言述之，即「求諸外而明諸內」之事。此乃實為一合內外之事，固不可專視為求諸外，或外在之事也。(《中國哲學原論・原教篇》)
新儒家在這裡跟錢穆有共識。至於儒學作為人文宗教，唐君毅便是奠定儒家人文主義宗教的第一人。
摒棄實證科學方法，帶有溫情敬意看中國歷史文化，此和 1958 年＜中國文化與世界宣言＞的主調相契。但研究歷史，譬如南京大屠殺，帶有民族情感而不能退一步跳出冷靜深思，彼能客觀如實了解事件發生的因由嗎？日本人果真無可悲可憐之處嗎？從求史實之「真」、人與人之間的平等相待言，溫情敬意可能會帶來偏蔽、窒礙，這是錢穆史觀一局限。而觀乎錢門弟子如嚴耕望、余英時等，無一不重視科學實證方法，對胡適、傅斯年「史料學派」「有一分證據，說一分話；有八分證據，還不可說九分話」的原則深深恪守，益見溫情敬意未必是研治中國歷史文化的必要條件。
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[附錄]：以孔子的性情心，救正朱子心性情三分之弊
牟宗三認為，朱子將心、性二分，性無活動、主宰義，活動、主宰皆落在心上講，而「性即理也」，然則理亦「只存有而不活動」，偏偏儒學自孔孟以降，皆主「心即理」，心性是本體地自一，非認知地、關聯地為一，理也「即存有即活動」，朱子因此是「別子為宗」。
錢穆對朱子心性論持有另外一種看法，可謂與牟氏相對立。錢穆說：
惟朱子言性即理也，性之內即包有情。又說：「仁者心之德，愛之理。」亦仍把此理字觀念相容到內心情感上來，不失儒家之大傳統。故其言《大學》「格物致知」必以「吾心之全體大用與眾物之表裡精粗」並言。則試問哪有撇開情感而可「我心之全體大用」的呢？(＜經驗與思維＞)
扼要言之，在錢穆看來，朱子的性不是無活動、主宰義，其包有情，有真情實感，即會活動，心性也不是認知地、關聯地為一，而是本體地自一，「把此理字觀念相容到內心情感上來」等於將朱子看成「心即理」，理不是「只存有而不活動」，朱子怎會失掉「儒家之大傳統」而成為「別子」呢？
撇開準確理解朱子不論，錢穆以性、情、心貫穿在一起，救正朱子心、性、情三分的弊病，這為朱子學的歧出找到一通路，重新回到孔孟的主流。也可以這樣說，錢穆是取資於孔子的仁情 (真情實感)，以孔子思想對朱子理論補偏救弊。
