程明道言「天人本無二，不必言合」，當代新儒家 (唐、牟) 對此亦首肯，然而，在錢穆的哲思中，天、人必須兩分，天人是「合一」，而非本來就是一體。
天、人屬兩個截然不同的領域，見其論理氣先後的文字：
若從天地間自然界物質界而言，誠然應該說先有器，乃有器之道，先有體，乃有體之用。也可說必先有了氣，乃有氣之理。
但天地間尚有生命界，與物質界略有辨，尚有人文界與自然界略有辨。大抵自然界與物質界，多屬無所為而為。而生命界與人文界，則多屬有所為而為。凡屬無為的，自可說體先於用，凡屬有為的，卻應該說用先於體。若說用先於體，則也可說理先於氣。如是則朱子理先氣後的主張，在人文界仍有他應有之地位，不可一筆抹殺。(兩條見＜理與氣＞)
天即物質界、自然界，是無所為而為，是氣先理後；人即生命界、人文界，是有所為而為，是理先氣後。天、人非在同一層次，理甚顯然。
錢穆又說：
生命來自物質，又歸入物質。文化出於自然，又復歸於自然。
儒家不主張自然而推尊人文，就人以言人，人類由自然界生命界動物界展演而來，又由人類展演出高深的文化。人文所與自然不同者，最主要的便是他有一個主動，由自然展演而為人文，即是由隨動中展演出主動來。試再舉男女兩性言之，在單細胞生物沒有分別雌雄男女以前，生物界只有生生不息而已。此一種生命意志之生生不息，永永向前，實在已有了一點主動的精神，侵入了自然界隨動的範圍。應該說是從自然界隨動的範圍內積久蘊釀而產出此一點主動的精神。但那種生生不息，永永向前的一點主動精神，到底不鮮明，不健旺，還是隨動意味多，主動意味少。換言之，還是不脫自然姿態。自從雌性作中分出了雄性，女性中分出了男性，於是主動隨動之別更鮮明瞭。男性雄性是代表了主動。雌性女性則代表了隨順。故由有雄性男性而生活意志之主動形式更鮮明更強烈。這是生命界一大進化。我們不妨說，自然界以順動為特徵，人文界以主動為特徵，人文演進之大例，即在爭取主動。(兩條見＜陰與陽＞)
從第一條，可見人由天來，亦終回歸於天，天人非一體。
至於第二條，可知天是隨動、順動，雖有「生生不息，永永向前的一點主動精神，到底不鮮明，不健旺」。比觀之下，人是以主動為主要特徵，人文演進即在爭取主動。
天、人雖屬不同領域，後者卻必須順應前者，不能違逆。此處錢穆明白反對「人定勝天」、「控制 / 利用自然」一類觀念。他說：
這些都是要在爭取主動中間仍不違背了順動之大法。在創進文化大道上，要依然不遠離了自然規律。若荀子所謂的勘天主義，實非儒家精神。(＜陰與陽＞)
從「人由天來，亦終回歸於天」的前提出發，錢穆雖認人可主動做許多事，成就出文化事業，但再主動都好，彼所做決不能與天對著幹。天人不即，但亦不離；不一，但亦不二。
須知道錢穆在抗戰後期已讀《朱子語類》等，其思路頗受朱夫子影響。「不即不離」、「不一不二」是朱子處理理氣、心性問題時常用的思維方式，至於天無所為而為，《語類》＜理氣上＞：
問：「天地之心亦靈否？還只是漠然無為？」曰：「天地之心不可道是不靈，但不如人恁地思慮。伊川曰：『天地無心而成化，聖人有心而無為。』」
「天地之心不可道是不靈，但不如人恁地思慮」不正是「自然界隨動的範圍內積久蘊釀而產出此一點主動的精神。但那種生生不息，永永向前的一點主動精神，到底不鮮明，不健旺，還是隨動意味多，主動意味少」的意思嗎？
在程明道乃至新儒家眼中，天不能指物質界、自然界，而是指創生萬物、賦予萬物存在價值的生生天道，此天道為人所稟，即為道德心性。錢穆看天不是這樣看，天是物質之天、自然之天，近似現代科學意義之天，也近似道家、荀子眼中之天，天、人因此只能合，不能本來是一。
唐君毅對錢穆思想有一段評論，他說：
錢先生之思想自其《三百年學術史》看便知其素同情即情欲即性理一路清人之思想，此對彼影響至深。彼喜自然主義、喜進化論、行為主義。由此論德性，亦一向如此。彼有歷史慧解，生活上喜道家，故在歷史上善觀變。但其思想實自來不是《孟子》《中庸》至宋明理學之心學道學一路……今其論《中庸》文釋「誠」與「不睹不聞」，都從外面看，此確違《中庸》意。(唐君毅致涵徐復觀)
儘管「其素同情即情欲即性理一路清人之思想」、「其思想實自來不是《孟子》《中庸》至宋明理學之心學道學一路」有欠允當 (事實上，錢穆曾反對戴震認情欲為性理、將理氣打併歸一，他的思想屬朱夫子一脈，即道學中的理學派系)，唐氏評「彼喜自然主義」、「生活上喜道家」基本上在《湖上閑思錄》獲得證實。錢穆思路和新儒家既有根本分歧，他拒絕簽署＜中國文化與世界＞宣言，背後實有義理上的理由，決非如余英時所言，只是純粹為了避免造成門戶壁壘。
