錢穆雖和熊十力、梁漱溟等交往，其學問路數卻跟熊、梁不同，《師友雜憶》：
余其時又識張孟劬及東蓀兄弟，兩人皆在燕大任教，而其家則住馬大人胡同西口第一宅。時余亦住馬大人胡同，相距五宅之遙。十力常偕余與彼兄弟相晤，或在公園中，或在其家。十力好與東蓀相聚談哲理時事，余則與孟劬談經史舊學。在公園茶桌旁，則四人各移椅分坐兩處。在其家，則余坐孟劬書齋，而東蓀則邀十力更進至別院東蓀書齋中，如是以為常。
余撰《神會》一文外，又旁論及於當時政治問題，投寄重慶《大公報》，得六七篇。又兼收在賴家園舊作八篇，輯為一編，名《政學私言》，付商務出版。一日晨，方出門去上課，梁漱溟忽來訪。余告以正值有課，漱溟曰，無妨，我來成都小住有日，並暫居君之隔鄰。遂約隔一日晨再面。余又返室，取《政學私言》一冊與之，曰，君倘夜間得暇，可試先讀此書。隔一日晨，余遂訪之於其寓。漱溟告余，此來有一事相商。彼擬創辦一文化研究所，邀余兩人合作。余即允之，問此事將於何時開始。漱溟曰，頃政府方召開政治協商會議，俟此事獲有結果，當即進行。又曰，君之《政學私言》已讀過，似為政治協商會議進言也。余曰，不然，書生論政，僅負言責。若求必從，則舍己田耘人田，必兩失之。君欲作文化研究，以宣導後學，茲事體大，請從今日始。若俟政治協商會議有成果，則河清難俟，恐僅幻想耳。漱溟聞余言，大不悅，起座而言曰，我甚不以君言為然。男大當婚，女大當嫁，今日國民黨與共產黨兩黨對峙，非為結合，他日國事復何可望。余曰，君言固是，亦須有緣。君其為父母之命乎，抑僅媒妁之言乎。今方盛倡戀愛自由，君何不知。漱溟怫然曰，知其不可而為之，今日大任所在，我亦何辭。余兩人遂語不終了而散。
概言之，熊、梁皆偏重哲理時事，梁甚至把政治置於哲理之上，想自己的意見能獲政治人物依從，自信「知其不可而為之，今日大任所在，我亦何辭」，道德經世意識強，卻不免傲慢。
比觀之下，錢穆好經史舊學，對政治只有旁觀的興趣 (其弟子余英時亦然)，「書生論政，僅負言責」，其更看重文化的傳承及保存 (他卒之創辦新亞書院)，講究教育。
為人方面，錢穆亦不欣賞熊而喜歡馬一浮，他說：
一浮衣冠整肅，望之儼然。而言談間，則名士風流，有六朝人氣息。十力則起居無尺度，言談無繩檢。一飲一膳，亦惟己所嗜以獨進為快。同席感不適亦不顧。然言談議論，則必以聖賢為歸。就其成就論，一浮擅書法，能詩，十力絕不近此。
弔詭的是，牟宗三竟不喜馬一浮，對他有所批評：
馬一浮先生更了不起。就博雅方面而論，他讀書比熊先生多。他下過死工夫的，中外古今都知道一些，但都不恰當的。馬一浮在清朝末年就成大名了，他是到德國去的留洋生。民國以來，二十幾歲就不見人了，住在西湖上，與社會上隔絕。瞧不起天下人，任何人來都不見。他不見熊先生，熊先生就把《新唯識論》寄給他。熊先生的《新唯識論》開首那個序是馬一浮作的，那個序作得漂亮得很，駢體文呀。文章很會作，博雅是博雅。但你以為他裡面的話都恰當嗎？我現在仔細看，他稱讚熊先生的話通通不對的。「將以昭宣本跡，統貫天人，囊括古今，平章華梵。」這幾句表示馬一浮先生的博雅。
但「擬諸往哲，其猶輔嗣之幽贊《易》道，龍樹之弘闡中觀。」這幾句話是對熊先生不了解。你可知這只是隨意作文章。
甚麼叫做「其猶輔嗣之幽贊《易》道」呢？輔嗣就是王弼，輔嗣是他的號。這句話是稱讚熊先生著《新唯識論》猶王弼之注《易》，但這恭維話也恭維得不對。《新唯識論》是從儒家的立場講《易》，不是王弼的從道家立場講《易》。王弼注《易》完全不相應的，拿道家玄理注《易》不相應的，因為《易》是孔門義理。所以，基本的句子都講錯。儘管王弼著《周易略例》大體不錯，但那是反對象數，反對象數是不錯。這表示王弼注《易》馬先生根本沒有仔細讀，你看不出王弼的毛病。結果是瞎比附，恭維都恭維錯了。熊先生也看不出來，覺得還不錯。
熊先生的《新唯識論》是儒家的立場，他喜歡講《大易》，講「生生不息」。他批評佛教，則根本沒有道理，他對佛教的了解根本不對的，不相干的嘛。
馬先生稱讚《新唯識論》猶「龍樹之弘闡中觀」更不對了。甚叫做「弘闡中觀」呢？《中論》就是龍樹菩薩造嘛。中觀是龍樹自己造的，不是有一個中觀在那裡讓他宏闡。而且熊先生的《新唯識論》根本是儒家的精神，根本不是「不壞假名而說諸法實相。」中觀學就是般若學，這個跟《易經》的道理毫不相干。可見 (馬先生作《新唯識論》序) 只是作文章，一點沒有了解。這怎麼能講學問嘛。中國的學問早就沒有了。
清末民初這一百年來都是少年得志。馬一浮博雅得很呀，他知道得很多，但他一點客觀的了解也沒有。他二十幾歲就跟社會不來往，熊先生想見他，他都不見。他任何人不見。他清朝末年才二十幾歲就出大名了，住在西湖做名士。這種人不是浪費了嗎？把你那一點聰明，那一點智慧，那一點博雅的東西通通浪費了。你不能把中國的學問保存下來。
牟宗三是嚴謹學者型，強調對學問如實的理解，此一種傾向在徐復觀身上也有所體現，在＜良知的迷惘 – 錢穆先生的史學＞中，徐氏說：
錢先生天資太高，個性太強，成見太深……所以他對史料，很少由分析性的關聯性的把握，以追求歷史中的因果關係，解釋歷史現象的所以然；而常作直感地、片段地、望文生義的判定……這是很容易給後學以誤導的。
又牟、徐皆喜歡不平則鳴，給人「好罵人」的印象，與熊十力一脈相承。錢穆則比較喜歡「衣冠整肅，望之儼然」，起居有尺度，言談有繩檢。
總之，錢穆雖跟北大哲學人往來密切，同為文化保守主義者，彼此仍有些根本分歧：
(1) 一重經史舊學，一重哲理時事；
(2) 一重文化傳承，注意教育，對政治只作議論。一具極強的道德經世意識，直接介入政治。
(3) 一尚博雅，自創新意。一尚認真理解，客觀認識前人想法。
(4) 一重嚴肅、生活有尺度及準繩，一重率性而為，不平則鳴。
唐、牟後來標舉陸王，牟宗三認同陸象山對朱子的批評：「揣量模寫之工，依倣假借之似，其條畫足以自信，其習熟足以自安。」(＜陸九淵文選＞)。錢穆卻不以為然，對「朱子上承周張二程以歸之孔孟古經典，而又自為之創通而條貫之，以自成其一家之見解」(＜朱子論鬼神＞) 予以稱讚。這在某種意義上仍是雙方分歧的延續。
