石頭、神瑛侍者、賈寶玉、通靈寶玉四者的關係，脂評本、程高本有分歧。
據脂評本，神瑛侍者下凡為賈寶玉，通靈寶玉乃石頭幻相，銜於寶玉口中，夾帶入塵世。
那僧便念咒書符，大展幻術，將一塊大石，登時變成一塊鮮明瑩潔的美玉，且又縮成扇墜大小的可佩可拿。那僧托於掌上，笑道：「形體倒也是個寶物了，還只沒有實在的好處，得再鐫上數字，使人一見便知是奇物方妙……」(第一回)
……原來是塊鮮明美玉，上面字跡分明，鐫著「通靈寶玉」四字……(第一回)
恰近日這神瑛侍者凡心偶熾，乘此昌明太平朝世，意欲下凡造歷幻緣，已在警幻仙子案前掛了號。(第一回)
……不想後來又生一位公子，說來更奇，一落胎胞，嘴裡便銜下一塊五彩晶瑩的玉來，上面還有許多字跡，就取名叫作寶玉。(第二回)
《石頭記》是通靈寶玉 (能感、能知、能言) 以旁觀者、記錄者的身份，敍述賈寶玉及周遭人物的故事，跡近記者如實報導。
可是，據程高本，多了以下一段文字：
只因當年這個石頭，媧皇未用，自己卻也落得逍遙自在，各處去遊玩。一日來到警幻仙子處，那仙子知他有些來歷，因留他在赤霞宮中，名他赤霞宮神瑛侍者。(第一回)
石頭、神瑛侍者、賈寶玉、通靈寶玉於是四位一體，異名同謂。《石頭記》亦變成石頭的自傳。
由此一歧異，牽涉到部份有石頭語氣文字的刪減，下列文字，唯脂評本有，程高本無：
此時自己回想當初在大荒山中，青埂峰下，那等淒涼寂寞；若不虧癩僧、跛道二人攜來到此，又安能得見這般世面。本欲作一篇《燈月賦》、《省親頌》，以志今日之事，但又恐入了別書的俗套。按此時之景，即作一賦一贊，也不能形容得盡其妙；即不作賦贊，其豪華富麗，觀者諸公亦可想而知矣。所以倒是省了這工夫紙墨，且說正經的為是。(第十八回)
你道這一家姓甚名誰，又與榮府有甚瓜葛？諸公若嫌瑣碎粗鄙呢，則快擲下此書，另覓好書去醒目；若謂聊可破悶時，待蠢物逐細言來。(第六回)
談起石頭，它似懷有滿腔鬱結。
原來，當年女媧氏煉石補天之時，於大荒山無稽崖煉成高經十二丈、方經二十四丈頑石三萬六千五百零一塊。媧皇氏只用了三萬六千五百塊，只單單的剩下了一塊未用，便棄在此山青埂峰下。誰知此石自經煅煉之後，靈性已通，因見眾石俱得補天，獨自己無材不堪入選，遂自怨自嗟，日夜悲號慚愧。
周汝昌解釋：
但是女媧煉這個石頭他就說得很清楚，遇見了兩位大仙，他在青埂峰下呆了幾萬幾千幾億年……他在那裡荒涼寂寞簡直受不了了，天天哭，悲號，就是我沒有用上，還是人才。你看看那個內心的核心是什麼呀，我被丟在這兒，人家都補天了，遇見兩位大仙，哎呀，您發慈悲吧，因為聽見大仙說人世紅塵種種富貴榮華享受，他請求的是什麼，帶我到人間去，受享一番……
「他在那裡荒涼寂寞簡直受不了了，天天哭，悲號，就是我沒有用上」、「我被丟在這兒，人家都補天了」，這是何等的鬱悶！何等的傷感！
石頭不能遂心，因而下凡，但見證過寶玉的事後，「石歸山下無靈氣，縱使能言亦枉然」，它明白「無論事大事小，有理無理，其不能各遂其心者，同一理也」，所以它沉默了，不再天天哭，天天悲號。
在脂評本中，石頭不是神瑛侍者、賈寶玉，那麼寶黛愛情為何叫做「木石前緣」？劉心武說：
赤瑕，就是有紅色疵斑的玉石。脂硯齋批註指出，這是病玉。
賈寶玉在天界是神瑛侍者 - 瑛，不是無瑕美玉的意思，瑛是「似玉的美石」，本質是石頭，只不過像玉罷了。所以他把自己跟絳珠仙草的姻緣，說成「木石姻緣」，這是非常合理的。(《劉心武揭秘紅樓夢（第二部）》)
