明思宗自殺，呂留良悲痛欲絕。清兵南下，他參與抗清義軍。隨著大局已定，呂留良參加科舉考試成為諸生。不過，他仍不時和自認明遺民者有來往，如錢謙益、黃宗羲等。
康熙五年 (1666 年)，呂留良「覺今是而昨非」，不再求入仕。＜耦耕詩其二＞：
誰教失腳下漁磯？心跡年年處處違。
雅集圖中衣帽改，黨人碑裡姓名非。
苟全始信談何易，餓死今知事最微。
醒便行吟埋亦可，無慚尺布裹頭歸。
充分反映他當時心聲。
呂留良提倡朱子學，尊朱貶王 (陽明)，《四書講義》有以下文字：
氣質之說，始於張程，發明於朱子，於此章近遠之義至徹，以之看《虞書》、＜湯誥＞、《易傳》、＜中庸＞、《孟子》，無不脗合無間矣。後學不深究其理，惑於異端，反謂朱子分理氣為二，不知論性不論氣不備，論氣不論性不明，二之則不是，原未嘗二也，須是兩邊說，理方明備耳。(卷二十)
孟子性善，理之本體也；孔子相近，理之盈虧也。即其言論之，已分本體、盈虧，非二理乎？夫理何以有盈虧？氣質故也........異學........其所主者，離理之氣也，本心之學也；聖學所主者，統氣之理也，本天之學也。(卷二十)
若以本體為無善無惡，必將并去其善，而後可以復本體也。則凡所謂擇善固執、樂善不倦者，不幾皆本體之障乎？此正聖學與異端分界之處，此處一差，以下都無是處，不可以不辨也。或云修身、正心、誠意、致知，此＜大學＞漸臻之事也，若以頓詣者言，則身心意知，總一至善無惡之物而已矣，其云身心意知，皆至善無惡之物，可謂知其說之非，而救之似矣。然有此理，無此事。自天命以後，道理本該如此，所謂有此理也。然堯舜相傳也說箇人心道心，人心曰危，道心曰微，可見心便說有善無惡不得。故雖聖人，亦必戒慎恐惓，兢兢以精一允執為主。(卷一)
第一、二條見呂留良反對理氣一物，首肯朱子的理氣兩分。
第三條見他主張心為有善有惡的經驗認知心靈，屬氣心，同於朱子，不滿陽明講「無善無惡心之體」。
黃宗羲初與呂留良友善，後生齟齬，跡近絕交。反而張履祥、陸隴其等人與他有學問上的交流。《清史稿・儒林傳一》：
張履祥，字考夫，桐鄉人。明諸生。世居楊園村，學者稱為楊園先生......初講宗周慎獨之學，晚乃專意程、朱。踐履篤實，學術純正。
《清史稿・陸隴其傳》：
陸隴其，初名龍其，字稼書，浙江平湖人......著有《困勉錄》、《松陽講義》、《三魚堂文集》。其為學專宗朱子，撰《學術辨》，大指謂王守仁以禪而託於儒，高攀龍、顧憲成知闢守仁，而以靜坐為主，本原之地不出守仁範圍，詆斥之甚力。
張、陸皆學宗朱子，批評陽明心學。
呂留良拒絕與仕清的明朝舊人交往。清朝下詔徵辟博學鴻儒，他誓死不就。暮年削髮出家，法名耐可，字不昧，號何求老人。康熙二十二年 (1683 年) 逝世。
湖南秀才曾靜受呂留良「華夷之辨」思想刺激，在雍正六年 (1728 年) 派遣弟子張熙勸川陝總督岳鍾琪反清，被告發下獄，釀成「曾靜案」。呂留良一家被牽連，其著作亦遭焚毀。
錢穆《中國近三百年學術史》給予呂留良正面的評價：
自朱子卒至是四百餘年，服膺朱子而闡述其學者眾矣，而絕未有巨眼深心用思及此者。自此以往，朱學益發皇，然無慮皆熟軟媚上，仰異族恩威之鼻息，奉以為古聖先賢之淵旨。窺帝王之意向，定正學之南針。極其能事，尚有愧夫吳、許，更無論晚村所云云矣。然則晚村不愧清楚講朱學一大師......
