宇宙論
董子極力建構一個以元氣 (即天地之氣) 為首的宇宙論。元氣分陰分陽，再具體化而為五行以解釋萬物之生成。他說：
天地之氣，合而為一，分為陰陽，判為四時，列為五行。(《春秋繁露・五行相生》)
仁貪之氣兩在於身。身之名取諸天，天兩，有陰陽之施。(《春秋繁露・深察名號》)
人生界之東西只為其宇宙論之一小部份。換句話說，他以形上的天作為人倫價值規範之根源，說：
臣聞，天者，群物之祖也......故聖人法天而立道，亦溥愛而亡私。(《漢書・董仲舒傳》)
他又說：
春者，天之所以生也；仁者，君之所以愛也；夏者，天之所以長也；德者，君之所以養也；霜者，天之所以殺也；刑者，君之所以罰也。(《漢書・董仲舒傳》)
把自然之理同一於價值之理。
心性及修養工夫論
董子用氣來了解性，說：
性之名非生與？如其生之自然之資謂之性。性者質也。(《春秋繁露・深察名號》)
又說：
人之誠 (實也，即由氣而成之實，即性也)，有貪有仁。仁貪之氣兩在於身。身之名取諸天，天兩，有陰陽之施。身之兩也，有貪仁之性。(《春秋繁露・深察名號》)
前一條以自然之質為性，後一條更明確反映性為氣性。
氣分陰陽，於是性有仁 (善) 貪 (惡)。董子說：
故性比於禾，善比於米。米出禾中，而禾未可全為米也。善出性中，而性未可全為善也。善與米，人之所繼天而成於外，非在天所為之內也。(《春秋繁露・深察名號》)
此條言人性不是先天地全善。人要為善，必須經過後天的學習和實踐。這顯然是荀子的路數，而與孟子的主張迥異。
董子論「心」：
栣眾惡於內，弗使得發於外者，心也。故心之為名，栣也。(《春秋繁露・深察名號》)
「栣」者，禁也。以禁制人內在之種種惡念來界定「心」，董子分明對人性抱持不信任的態度。
心超越於性而浮在性之上，且可對性之惡端之顯發加以禁制，這明顯是「以心改性」的進路。
由於董子不主張「性善」，後天的學習和實踐對人之成德異常重要。其於是高度強調君主對人民之施教：
天生民性有善質，而未能善，於是為之立王以善之，此天意也。民受未能善之性於天，而退受成性之教於王。王承天意，以成民之性為任者也......萬民之性苟已善，則王者受命尚何任也？......今萬民之性，待外教然後能善......(《春秋繁露・深察名號》)
他又說：
聖人以為無王之世，不教之名，民莫能當善。善之難當如此，而謂萬民之性皆能當之，過矣。(《春秋繁露・深察名號》)
汲汲於肯定聖王教化是使人民為善之唯一方法，不相信人民能在未經教化之下為善。
政治、社會思想
董仲舒說：
......陰者陽之合，妻者夫之合，子者父之合，臣者君之合。物莫無合，而合各有陰陽。陽兼於陰，陰兼於陽，夫兼於妻，妻兼於夫，父兼於子，子兼於父，君兼於臣，臣兼於君。君臣、父子、夫婦之義，皆取諸陰陽之道。君為陽，臣為陰；父為陽，子為陰；夫為陽，妻為陰。陰道無所獨行。其始也不得專起，其終也不得分功，有所兼之義。是故臣兼功於君，子兼功於父，妻兼功於夫，陰兼功於陽，地兼功於天...... 此見天之親陽而疏陰，任德而不任刑也。是故仁義制度之數，盡取之天。天為君而覆露之，地為臣而持載之；陽為夫而生之，陰為婦而助之；春為父而生之，夏為子而養之；秋為死而棺之，冬為痛而喪之。王道之三綱，可求於天。天出陽，為暖以生之；地出陰，為清以成之。不暖不生，不清不成。然而計其多少之分，則暖暑居百而清寒居一。德教之與刑罰猶此也。故聖人多其愛而少其嚴，厚其德而簡其刑，以此配天...... (《春秋繁露・基義》)
把君臣、父子、夫婦關係按照「陽尊陰卑」定為近於日後「君為臣綱，父為子綱，夫為妻綱」之三綱，且主張「罷黜百家，獨尊儒術」，要求統一思想，此皆不為儒家所有而為韓非所主張。
關於「三綱」之由來，徐復觀曾指出，此乃源於《韓非子・忠孝篇》：
臣事君，子事父，妻事夫，三者順，則天下治；三者逆，則天下亂。
這想法流傳至西漢而為儒家所吸收，因而轉成「三綱」。這種轉變可視為儒家思想對專制政治之一種妥協 (《中國思想史論集》) 。
至於對統一思想之要求，出自《韓非子・問辯篇》：
言無二貴，法不兩適，故言行而不軌於法令者必禁。
董子將法家思想吸收、消化 (他也採納了部份法家對老子「無為」的解釋，建構「君主無為，臣下有為」的用人哲學)，變為具體制度、政策，此一意義下，他是助長專制。
以天制君
不過，董子並非一面倒向極權獻媚。為了更好地鎮懾自信過人的漢武帝，董仲舒不惜加重「天」在儒學中的位置。「天」會利用種種自然「災異」向君主示警，提醒君主改正過失。這見解在先秦儒學中從未出現，乃「漢儒」吸收墨家「天志」的產物 (見胡適《中國中古思想史長編》)。
勞思光批評：
漢代儒學受陰陽五行論影響最鉅，董仲舒提倡獨尊儒術，罷黜百家，披著儒家的外衣，行陰陽五行之論，天人相應之說既興；價值根源遂歸於一「天」；德性標準不在於自覺內心，而寄於天道；以人合天， 乃為有德。於是，儒學被改塑為一「宇宙論中心之哲學」。心性之精義不傳......而宇宙論之觀念，悉屬幼稚無稽之猜想。儒學有此一變，沒落之勢不可救矣。(《新編中國哲學史》卷二)
可是，誠如徐復觀所講，董仲舒的「天」的哲學大系統是當時專制政治趨於成熟的表現，董仲舒仍想堅守儒家政治理念，批判現實政治，力求限制專制君主及其酷烈的刑法，「近代對統治者權力的限制，求之於憲法；而董氏則只有求之於天，這是形成他的天的哲學的真實背景。」(《兩漢思想史》卷二)
「屈民而伸君」，這是助成君主專制，董子難辭其咎。可是，他的思想同時有「抑君以尊天」，「天」的內容為何？「仁義制度之數，盡取之天」(《春秋繁露・基義》)，「天」即道德秩序。以道抗勢，以道統規範政統，在政治取態上，董子何嘗有別於孔、孟、荀？
結語
和先秦儒學相比，漢儒思想比較駁雜 (滲雜陰陽家、墨家、法家的思想)、迷信 (重視天降災異)、偏重「禮」的一邊，但兩者的精神基本上是一貫的。
「以天制君」某程度上是過去讀書人面對絕對君權，迫於無奈下所玩弄的小把戲。可惜這個把戲很容易被拆穿，《漢書‧董仲舒傳》有以下一段記載：
先是遼東高廟、長陵高園殿災，仲舒居家推說其意，草稿未上，主父偃候仲舒，私見，嫉之，竊其書而奏焉。上召視諸儒，仲舒弟子呂步舒不知其師書，以為大愚。於是下仲舒吏，當死，詔赦之，仲舒遂不敢復言災異。
作為「始作俑者」的董仲舒因大談「天降災異」而險招殺身之禍，這正好反映「以天制君」的策略並不容易駕馭。儒者更應爭取制度設計上的改變，以人民作為權力的源頭 (即孫中山所言的「人民有權」)，談災異、說鬼神或可作為民間傳說的一部份，卻不該是儒者用力的方向。
另外，將各家思想共冶一爐，容易造成強姦他人見解、騎劫他人立場的唯我獨尊，這亦不利於多元聲音的良性互動和溝通。董仲舒將韓非思想結合儒門學說，即扭曲了孔子的「正名」思想。
