洪承疇任官時，正值流寇日益坐大。他拼湊數百家丁、僕人、伙夫成一軍隊，前赴沙場剿匪，卓有成效。當時盧象昇負責中原，洪承疇專治西北，相互協同合作，流寇連戰失利。可惜清兵不久犯邊，盧象昇被調往邊境支援，中原兵力空虛，流寇復盛。
崇禎十一年 (1638 年) 十二月，盧象昇在禮部尚書兼東閣大學士楊嗣昌掣肘下，糧餉被切斷，僅剩下五千老弱殘兵。其與清軍決戰，力戰而死。明思宗不得已將洪承疇從西線調來，崇禎十二年 (1639 年)，洪承疇獲任命為薊遼總督，抵禦清兵。李自成、張獻忠因而得享喘息機會。
豪格 (皇太極長子)
率清兵萬餘人攻寧遠，寧遠固守，豪格無功而還。洪承疇上任後，積極編練新軍，鑄造武器，提升戰鬥力。崇禎十四年 (1641 年) 三月，清兵包圍錦州，寧遠告急，洪承疇奉命率吳三桂等八總兵出山海關，會師寧遠。
清兵與明軍發生激戰，各有死傷。洪承疇主張堅守，利用小規模的騷擾戰，拖垮清兵的後勤補給和士氣。兵部尚書陳新甲反對，認為 (1) 清兵採以戰養戰，糧食不足即寇邊劫掠，騷擾戰無法拖垮其後勤補給 (2) 明軍士兵人數眾多，糧餉卻有限，無法長久維持，所謂兵多餉艱。思宗及內閣亦傾向催促洪承疇進軍，因中原地區的流寇已死灰復燃，急需調動精兵南下征剿。
洪承疇不得已率軍入松山。清兵初時處於劣勢，皇太極憂急之下一度嘔血。清兵屢戰不利，軍心動搖，相比之下，明軍在各方面皆佔優勢，對清兵予以夾擊。
然而，轉捩點出現，皇太極帶病來援，對明軍展開包圍，並奪其糧草十二堆。「因餉乏，議回寧遠就食」，洪承疇決定突圍南逃，惟軍令未下，「各帥爭馳，馬步自相蹂踐」。洪承疇終突圍不成，坐困松山。翌年城陷，洪承疇被俘至盛京。
「松錦之戰」雙方其實兵力相約，明軍二十萬，清軍二十四萬。明朝全軍覆沒後，遼東防線徹底瓦解，最後防線只有山海關的吳三桂 (吳三桂，錦州總兵吳襄之子，祖大壽外甥。崇禎時為遼東總兵，封「平西伯」，鎮守山海關)。
洪承疇被俘後，本打算絕食殉國，以示忠於明室。皇太極賜予黃金、古玩、美女，他都拒絕了。後來皇太極動之以情，將自己身上的貂皮大衣脫下，披在洪承疇身上，又令莊妃前往探望，致贈人參湯。洪承疇感動不已，卒之跪地叩首，投降大清。
洪承疇建議多吸納明朝典章制度，且強調弘揚儒學、尊崇孔孟的重要，為滿清統治漢人奠下基礎。他也是最早提出清兵入關的首要任務是剿滅流寇。
