永祿十一年 (1568 年)，秀次在尾張國出生，母親是豐臣秀吉的姐姐智子。
「本能寺之變」後，秀吉崛起，連帶秀次也獲得重用。
天正十一年 (1583 年)，參與賤岳之戰，立下戰功。
十二年 (1584 年) 參與小牧長久手之戰，被德川軍奇襲而慘敗，性命幾乎不保。
儘管遭秀吉叱責，秀次仍舊扶搖直上。四國征伐時，他以副將身分率三萬兵力取勝，被賜予近江國蒲生郡八幡山城 (今近江八幡市)。
十四年 (1586 年) 獲賜姓豐臣。
九州征伐時，秀次留守京都。
十八年 (1590 年) 參與小田原征伐，戰後被賜予尾張國、伊勢國北部五郡。
十九年 (1591 年) 向奧州出兵，鎮壓葛西大崎一揆和九戶政實之亂。
秀吉嫡子鶴松死去，秀次成為秀吉的養子，就任關白及豐臣家家督。
當時，秀次在聚樂第辦公，秀吉則移居伏見城，形成二元政治格局。秀次集中處理日本內部政務，讓秀吉可專注攻略朝鮮。
文祿二年 (1593 年) 是關鍵的一年，豐臣秀賴誕生，自此秀吉漸漸疏遠秀次。
兩年後，即文祿四年 (1595 年)，秀次奉秀吉命令入伏見城，但未與秀吉正式會面，就因被控謀反，流放至高野山出家，七日後賜死，年僅二十八歲。首級置於京都三條河原示眾 (今三條大橋)。
其一家三十九口不久被滿門抄斬，屍骨隨意埋葬一處，稱「畜生塚」。家臣也被整肅，木村重茲、前野長康、服部一忠等皆賜死。
秀次被趕盡殺絕，眾說紛紜，包括：
1. 秀次意圖謀反；
2. 秀次擔任關白後有劣行，具「殺生關白」的惡名；
3. 外國傳教士不斷讚揚秀次而貶低秀吉，令秀吉憤怒；
4. 秀吉較疼愛親生兒子秀賴，後悔把繼承人的位置讓給秀次。
關於 1，從秀吉的譜代家臣前野長康、木村重茲、渡瀬繁詮等皆主張秀次無罪，以及石田三成替秀次辯護，可見謀反說不成立。
至於 2，即使秀次真的做過在禁止殺生的比叡山狩獵野鹿、把打獵的收穫送到寺中烹調、把鹿肉放入僧侶食用的鹽和醋中、以練習使用鐵砲的名義射殺在田中工作的農夫、捕捉盲人並將其切成肉塊、在晚上不斷斬人、把孕婦的肚皮切開並拿出胎兒等，秀吉大可把他一人拉下馬，何必殺他全家？又據外國傳教士所記，「這個年輕人與他的伯父完全不同，是個有受萬人敬愛的性格的主人。特別是保持著禁慾」、「有穩重且深思熟慮的性格」，假如所記屬實，殺生從何說起？
3 秀吉憤怒未必會怒到殺秀次，即使怒到殺秀次，也未必怒到要殺秀次全家，相關說法欠充分理由。
唯獨 4，這是最大的可能，目前多數學者亦贊同秀賴的出生是衝擊秀次的主因，夷滅秀次一族旨在鞏固秀賴的根基。
不過，秀次是豐臣家唯一成年的親族，且具有豐富軍事及處理政務的經驗，人望亦甚高。毅然將他殺死而將政權交給年幼的秀賴，此對豐臣政權其實非常危險。秀吉對親兒愛之深，卻未免不智。
另外，要求已經倒台、出家的前任關白切腹，把其首級示眾，兼誅滅他的家人，殘酷的處置同時令人質疑豐臣政權的正當性 (legitimacy)。有謂秀次之死間接導致豐臣政權滅亡 (分成擁護與反對秀賴兩派，反對派最後消滅擁護派，結束豐臣政權)，說法有一定道理。
