《通鑑紀事本末》全抄《通鑑》原文，只是改易撰寫方式。與《通鑑》一樣，全書具有強烈的正統立場。239 個標題，採用了「平」、「據」、「滅」、「叛」、「亂」、「篡」等詞彙。另外，書中內容以政治和軍事為主，經濟部份只有唐代的《奸臣聚歛》和《兩稅之弊》，文化方面更是付之闕如。
錢穆指出：
他的書實不很好，不好就在他這紀事上。一部《通鑑紀事本末》，四十二卷，兩百三十八題。我們只看此兩百三十八題，便知此書有很大問題在裡面。如看第一卷：「三家分晉」、「秦併六國」、「豪傑亡秦」三題，第一題是因《通鑑》開始就是東周天子承認三晉為諸侯，溫公認為一大事，故紀事本末亦以此開始。但下面好多戰國史極重要，而他都闕了。不知三家分晉乃所以開出此下戰國之新局，而歷史重要處是在演變到戰國史之後。他書不詳講戰國，接下就是秦併六國了，則不免把全部戰國史都忽略了。有了一個頭，有了一個尾，中間的身段不見了。秦併六國後，才有秦始皇統一政府，此中國史上從古未有的統一政府究做了些什麼事，他也不列專題，卻接著便是「豪傑亡秦」。又是有了一頭，有了一尾，沒有中段。把該重視的放輕，把可輕視的放重。這是一大顛倒。秦始皇怎樣滅六國，陳勝、吳廣、項羽、沛公怎樣亡秦，這些都該是次要的事。秦始皇做了皇帝以後，他在政治上做了些什麼事，好的、壞的，大該詳列。如像焚書坑儒這許多事，他書中並非沒有，但歸在「豪傑亡秦」一題目之內。我們讀此書，便會給他書中所定題目引起了我們一個不正確的歷史觀，把歷史真看成一部相斫書。(《中國史學名著》)
所謂「有了一頭，有了一尾，沒有中段」，是袁樞著重一朝代的「興」、「衰」，中間對政治、社會、經濟、外交各問題的處理及回應則從簡。「兩頭大，中間小」，其實與《通鑑》「窮探治亂之跡」的宗旨相呼應。
《通鑑紀事本末》開「紀事本末體」先河，明人陳邦瞻《宋史紀事本末》、《元史紀事本末》，張鑑《西夏紀事本末》，清人高士奇《左傳紀事本末》，李有棠《遼史紀事本末》、《金史紀事本末》，谷應泰《明史紀事本末》等，皆師法袁樞。
「紀事本末體」對重大事件有明確的標題，又依時間先後敘述，內容扼要，免去紀傳體的重複及編年體的支離破碎 (章學誠《文史通義》：「文省於紀傳，事豁於編年」)，省去讀者檢索的時間，對史料的整輯排比更有不少功勞。故此，它與紀傳體、編年體鼎足而立，為後世寫史不可偏廢的成法。
梁啟超認為，袁樞的貢獻，不在於發現新史料，也不在史識的高明，而在開創新的編寫史書方法。他說：
蓋紀傳體以人為主，編年體以年為主，而紀事本末體以事為主。夫欲求史跡之原因結果以為鑒往知來之用，非以事為主不可。
又說：
紀事本末體與吾儕理想之新史學最相近，抑舊史學進化之極軌也。(《中國歷史研究法》)
