坑儒，有學者認為儒僅指方士，觀乎《史記・秦始皇本紀》：
始皇聞亡，乃大怒曰：「吾前收天下書不中用者盡去之。悉召文學方術士甚眾，欲以興太平，方士欲練以求奇藥。今聞韓眾去不報，徐市等費以巨萬計，終不得藥，徒姦利相告日聞。盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。諸生在咸陽者，吾使人廉問，或為訞言以亂黔首。」於是使御史悉案問諸生，諸生傳相告引，乃自除犯禁者四百六十餘人，皆阬之咸陽，使天下知之，以懲後。益發謫徙邊。始皇長子扶蘇諫曰：「天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安。唯上察之。」始皇怒，使扶蘇北監蒙恬於上郡。
被坑的四百六十餘人俱為「諸生」中之「犯禁者」，「諸生皆誦法孔子」，儒怎會是指方士？他們實為齊魯地區受孔子儒學薰陶的士人。
扶蘇同情「諸生」，等於背離法家意識形態，被外調是合理的。
順帶一提，漢高祖劉邦之弟劉交，曾與魯人穆生、白生、申培公一起到荀子的學生浮丘伯門下學習《詩經》，因坑儒事件，被迫離去。如果坑儒只是坑方士，非針對齊魯地區受孔子儒學薰陶的士人，劉交為何會有如此舉動？
秦始皇坑儒，除了怨恨侯生、盧生求不到仙藥，主要是他們抱持政治異見：
侯生盧生相與謀曰：「始皇為人，天性剛戾自用，起諸侯，並天下，意得欲從，以為自古莫及己。專任獄吏，獄吏得親幸。博士雖七十人，特備員弗用。丞相諸大臣皆受成事，倚辨於上。上樂以刑殺為威，天下畏罪持祿，莫敢盡忠。上不聞過而日驕，下懾伏謾欺以取容。秦法，不得兼方不驗，輒死。然候星氣者至三百人，皆良士，畏忌諱諛，不敢端言其過。天下之事無小大皆決於上，上至以衡石量書，日夜有呈，不中呈不得休息。貪於權勢至如此，未可為求僊藥。」於是乃亡去。(同上)
盧生，齊國人，博士官。他不妥始皇，又跟其他博士官關係密切，同為齊魯地區受孔子儒學薰陶的士人。星星之火，可以燎原，基於管治需要，始皇下重手，是可以理解的。
不過，由此亦反映，齊魯地區受孔子儒學薰陶的士人是發揮著如何的一種功能，即制約、阻攔、批判現政權的力量。
(二) 博士官源自齊魯地區
早在戰國時，齊國的稷下學宮就是一儒學重鎮。大儒荀子曾為學宮之祭酒，相當於今天的大學校長。他的弟子眾多，部份在秦統一後被納入博士官系統中。
秦始皇受制於東方六國遺民勢力，不得不設博士官以示安撫。博士官的數目為七十，亦是取孔子門下「受業身通者七十有七人」。鄭樵說：「秦時未嘗不用儒生與經學也」、「秦時未嘗廢儒」，確屬事實。
坑儒事件對博士官系統造成打擊，博士官人心惶惶，系統未幾解散，博士官流落民間，其中一人即為伏生。
伏生，山東濟南人，早年為秦朝博士官，專門研究《尚書》。焚書坑儒時，他把《尚書》藏於壁中。秦亡，伏生從壁中取出《尚書》，發現已散失數十篇，僅剩下二十餘篇。他憑記憶口授加以補完，漢朝廷派晁錯前往學習，用隸書抄寫《尚書》經文，稱為「今文尚書」。「今文尚書」後來發展成三家，分別是歐陽高的「歐陽氏學」、夏侯勝的「大夏侯氏學」、夏侯建的「小夏侯氏學」。
「今文尚書」之外，又有「今文易」、「今文詩」、「今文禮」、「今文春秋」。
施讐，孟喜、梁丘賀皆獲田王孫傳《易》，田王孫獲丁寬傳《易》，丁寬傳自田何，田何正是祖籍淄川 (今山東淄博)，為齊人。相傳商瞿向孔子學習《易經》，六世至田何。
申培公開「魯詩學」，曾與劉交師從荀子門人浮丘伯，山東曲阜人。轅固生開「齊詩學」，他也是出身山東。
作《大戴禮記》的戴德，是后倉的四位弟子之一。作《小戴禮記》的戴聖，是戴德之弟，后倉，東海郡郯 (今山東郯城縣) 人。
授《公羊傳》的胡毋生，出身山東。
「今文經學」後來在政府中成為正統，建元五年 (公元前 136 年)，武帝為《易經》和《儀禮》增置博士，與《書經》、《詩經》、《春秋》博士合為「五經博士」。公孫弘於元朔五年 (公元前 124 年) 又提出為「五經博士」設弟子員。博士弟子員於太學中跟隨博士學習，稱「太學生」。
「太學生」傳承著齊魯地區受儒學薰陶的士人的精神，積極發揮制約、阻攔、批判現政權的力量，做異見分子。東漢清議成風，牽頭的正是「太學生」。
(三) 漢初諸儒之具建設性及其思維特徵
漢高祖重用儒生叔孫通、陸賈、張蒼。
叔孫通，薛縣人 (今山東滕州市)，秦末曾任博士官，有阿諛逢迎以保全性命的舉動，人格不甚高尚。項梁、項羽起兵，叔孫通前往投靠。劉邦殺入彭城，叔孫通向漢軍投降，自此為劉邦服務。
項羽被打敗，劉邦稱帝，是為漢高祖。有見於大臣們在朝堂上經常做出失禮的行為，如飲酒爭論、醉後喧嘩，甚至拔劍擊打宮殿的支柱，叔孫通向漢高祖建議制訂宮廷禮儀，獲高祖同意。訂朝儀令漢高祖「吾迺今日知為皇帝之貴也」，他因此對儒生改觀 (之前曾用儒生之禮帽尿溺)，叔孫通備受重用。
陸賈，據《新唐書》記載，是齊宣王幼子通的後裔，能言善辯。他經常出使各諸侯國，鴻溝劃界，臣服南越國趙佗，都是其功勞。劉邦即位之初，重武力、輕詩書，陸賈進諫：「馬上得之，寧可以馬上治乎？」建議「行仁義，法先聖」，提出「逆取順守，文武並用」的統治方略。他更總結秦朝滅亡的經驗教訓，撰《新語》。諸呂之亂後，他極力迎立漢文帝。
張蒼年輕時師從荀子，受《春秋左氏傳》，一度仕秦為御史，輾轉投靠劉邦。他博覽群書，深通律曆，明於術數，《春秋左氏傳》後來傳洛陽人賈誼，賈誼乃張蒼的弟子。
三人或多或少跟齊魯地區有淵源，而且發揮著鞏固新政權的正面作用。值得注意的是，陸賈相信宇宙萬物都是「天地相承，氣感相應而成者」，聖人要「承天誅惡」。張蒼亦曾與魯人公孫臣議論「五德終始說」，深受陰陽家思想影響。「宇宙論中心」的思維傾向，並非到了董仲舒才出現。
賈誼，雒陽 (今河南洛陽) 人，從小研究詩經、書經，才學過人，文筆出眾。文帝時任博士，年僅二十二歲，乃朝廷中最年輕的一位博士。賈誼撰《過秦論》總結秦亡教訓為「仁義不施，而攻守之勢異也」、《論治安策》主張「眾建諸侯而少其力，力少則易使以義，國小則無邪心」、《論積貯疏》鼓吹「今驅民而歸之農，皆著於本，使天下各食於力。末技、游食之民轉而緣南畝，則蓄積足而人樂其所矣。」重農抑商。武帝有「推恩令」及帶有國家社會主義色彩的經濟政策，啟發自賈誼。
有別於秦朝時的秉持異見，漢初諸儒都能夠作出正面、積極、具建設性的貢獻，通經足以致用。
唯大病初癒，需要清靜無為以休養，歷文景而至武帝，國力逐漸恢復，終有漢武帝尊崇儒學的措施。
(四) 漢武帝尊崇儒學，以及「左傾」作為儒生的共識
漢武帝初即位，打算重用儒生趙綰、王臧等，一掃文景以來崇尚黃老無為的風氣。趙、王二人俱為申培公的弟子，遙承荀子。
趙、王迎申培公來朝，建議仿古制，設明堂辟雍，改曆易服，行巡狩封禪等禮儀，更要求武帝「不必事事請命太皇太后」，惹起太皇太后竇氏不滿，命武帝下令革去趙、王官職。趙、王身死，標誌著博士官系統改革現實的嘗試失敗了。
然而，隨著竇氏離世、武帝親政，「獨尊儒術」的局面終於出現。受武帝重用的儒生，先有董仲舒，後有公孫弘。
董仲舒，廣川 (今河北景縣) 人。早年用功讀書，以研治《公羊春秋》出名，與胡毋生齊名。景帝時任公羊博士，武帝舉「賢良文學」之士，他呈上對策，主張：「諸不在六藝之科、孔子之術者，皆絕其道，勿使並進」、「罷黜百家，表章六經」。
公孫弘，菑川 (今山東) 薛縣人。年輕時家貧，曾在渤海海邊當牧豢奴。直到四十多歲，始用刀削竹青抄寫《春秋》誦讀學習。武帝招選「賢良文學」之士，六十歲的公孫弘以賢良被徵召入京，封為博士。
董氏曾說：
古者稅民不過什一，其求易共；使民不過三日，其力易足。民財內足以養老盡孝，外足以事上共稅，下足以畜妻子極愛，故民說從上。至秦則不然，用商鞅之法，改帝王之制，除井田，民得賣買，富者田連阡陌，貧者無立錐之地。又顓川澤之利，管山林之饒，荒淫越制，踰侈以相高；邑有人君之尊，里有公侯之富，小民安得不困？又加月為更卒，已復為正，一歲屯戍，一歲力役，三十倍於古；田租口賦，鹽鐵之利，二十倍於古。或耕豪民之田，見稅什五。故貧民常衣牛馬之衣，而食犬彘之食。重以貪暴之吏，刑戮妄加，民愁亡聊，亡逃山林，轉為盜賊，赭衣半道，斷獄歲以千萬數。漢興，循而未改。古井田法雖難卒行，宜少近古，限民名田，以澹不足，塞并兼之路。鹽鐵皆歸於民。去奴婢，除專殺之威。薄賦斂，省繇役，以寬民力。然後可善治也。(《漢書・食貨志》)
針對商鞅以降土地私有合法化造成「富者田連阡陌，貧者無立錐之地」的局面，董仲舒建議「限民名田，以澹不足，塞并兼之路。鹽鐵皆歸於民」、「去奴婢」、「薄賦斂」、「省繇役」。
觀乎鹽鐵會議中「賢良文學」反對官營商業，主張節儉、藏富於民，重農抑商，廢止鹽鐵、均輸、平準、榷酤等與民爭利之法。董仲舒的意見似乎是「賢良文學」的共識，也是博士官系統所篤信。
名將霍去病的異母弟霍光，支持「賢良文學」的「左傾」想法，外戚與儒生的聯合，於此已見端倪。
武帝死，霍光擁立昭帝。昭帝死，霍光先立昌邑王劉賀，再改立宣帝。漢宣帝自詡：「漢家自有制度，本以霸王道雜之」，儒法並用，陽儒陰法。然而，其兒子劉奭不以為然，重用蕭望之、周堪、劉向，三人都是博士官。
(五) 戚宦聯手打擊博士官
漢武帝「尊公羊家，詔太子受公羊《春秋》，由是公羊大興」，漢宣帝則重用《穀梁》學者，立為學官，因其祖父劉據「少壯詔受公羊《春秋》，又從瑕丘江公受《穀梁》」。瑕丘江公，《史記》作江生，瑕丘 (今山東濟寧) 人，申培公傳授他《穀梁春秋》、《詩經》。漢武帝時與董仲舒並稱，因為口吃，議論不如董仲舒，於是《公羊春秋》盛行，《穀梁春秋》衰微。不過，二人無疑同屬博士官系統。
漢元帝劉奭「柔仁好儒」，曾批評父親宣帝「持刑太深，宜用儒生」，被宣帝責怪「亂我家者，太子也！」平情而論，漢初有周勃、陳平，武帝朝有桑弘羊、汲黯，純用儒生似非漢朝延祚之正道，必須「霸王道雜之」。劉奭不明箇中內情，即位後重用蕭望之、周堪、劉向，這對漢室是有危險的。
蕭望之，字長倩，東海蘭陵 (今山東蘭陵) 人，通達五經，是「今文經學」中《齊詩》、《論語》的知名學者。宣帝時任太子老師，甘露三年 (公元前 51 年) 於石渠閣與諸儒講五經異同，可見其在博士官中地位崇隆。
周堪，字少卿，山東臨淄人，跟隨夏侯勝 (先世夏侯始昌，山東曲阜人，通五經) 學習《書經》，並參加過石渠閣議論經書，劉奭以他為師。
劉向，字子政，原名劉更生，漢高祖之弟楚元王劉交的玄孫，博覽群書，精通天文星象。蕭望之、周堪向元帝推薦劉向，劉向進入中央權力核心，奏章中不時以天災附會當時的政治現象，希望元帝「放遠佞邪之黨，壞散險詖之聚，杜閉群枉之門，廣開眾正之門」。換言之，他承繼著董仲舒的「以天意窒君威」(蕭公權語)。
宋人高似孫稱劉向「炯炯丹心，在漢社稷」，清人凌揚藻稱他「孤忠自許，志不得行，而其精誠，更可貫金石矣！」可見蕭、周、劉集團是正義、光明的力量，有益於漢室。
然而，有一史高，乃宣帝祖母史良娣哥哥史恭的長子，即宣帝的表叔。他初時與蕭、周、劉等同為託孤之臣，隨著蕭望之等欲改弦更張，推行仁政，元帝又給予他們萬二分信任，史高備受冷落，因而與蕭望之產生嫌隙。外戚與博士官之間發生矛盾。
霍光以外戚身份支持「賢良文學」，是因為「賢良文學」的主張有助打擊其政敵桑弘羊。他並非真心誠意信服於「賢良文學」的主張，與「賢良文學」為伍，只是出於捍衛自身政治利益的需要。
史高因蕭、周、劉集團的上升而失勢，他自然不能再和博士官聯合，博士官以外，最接近權力來源者為宦官，史高於是勾結宦官弘恭、石顯，堅持恪守慣例，反對改革。
蕭望之憂慮外戚、宦官擅權，向元帝建議糾正宦官出掌中書，此等於直接損害弘恭、石顯的既得利益，他們於是與史高聯手，對付蕭、周、劉。蕭望之卒之自殺，周堪 (弟子張猛自殺) 罷官，劉向被免為庶人。博士官遭受打擊。
(六) 王莽篡漢改制是代表儒生實現其政治理想
博士官雖遭受打擊，但仍有很大的影響力。加上社會土地兼併嚴重，貧富極度不均，這令博士官的政治主張有號召力。漢室無法解決民生問題，尤其給予博士官口實宣揚「漢德已衰，新聖將興」。
早在昭帝時，眭弘就鼓吹「求索賢人，禪以帝位，而退自封百里，如殷、周二王後，以承順天命」。眭弘，山東滕州人，年長治《公羊春秋》，有弟子過百人。嚴彭祖和顏安樂後來宣揚眭弘的學問而發揚光大。
到了宣帝，又有蓋寬饒，言：「方今聖道浸廢，儒術不行，以刑餘為周召，以法律為詩書。」、「五帝官天下，三王家天下，家以傳子，官以傳賢，若四時之運，功成者去，不得其人則不居其位。」蓋寬饒，字次公，魏郡（今河北省臨漳縣西南）人，通經書為郡文學，舉孝廉為郎。
蕭、周、劉集團雖遭打擊，劉向卻誕下一子劉歆。
劉歆，字子駿，年輕時精通《詩經》及《尚書》，曾獲漢成帝召見並授予官職。他有意繼承父親的事業，教授五經，且積極撰《七略》(宮中藏書目錄)。有見於太常博士 (即五經博士) 抱殘守缺，寫成＜移讓太常博士書＞，開罪了一眾博士官，換句話說，劉歆出身於博士官，卻超越了博士官。
劉歆和王莽相友善，王莽，字巨君，濟北王田安六世孫，田安為戰國時期齊國亡國之君齊王建的孫子。齊亡後，當地庶民依然稱呼田家為王家，田姓於是改為王姓。
元帝死，成帝尊母親王政君為皇太后，王政君是王莽的姑母。王鳳、王商、王音、王根憑藉跟王政君的親戚關係，先後以大司馬一職掌握朝政，生活奢華，耽於安逸。唯王莽節儉樸實，酷愛儒術，禮賢下士。他因此獲王政君重視，綏和元年 (公元前 8 年) 擔任大司馬。
王莽做了兩件事盡得儒生歡心：(1) 增加博士和博士弟子的名額，擴建太學和太學生宿舍，並於地方學校廣招生徒，以徵求各地奇才。(2) 捐出田地三十頃及以一百萬錢賑濟貧農，建二百個臨時居所安置貧民。遇有水旱災，必素食以示虔誠。另賜古稀老人及鰥寡孤獨者布帛。
成帝死，哀帝繼位，傅太后、丁太后及其外戚傅喜、丁明得勢，王莽退居新野。哀帝死，王莽奉太皇太后王政君之命，重返朝廷擔任大司馬。政治、民生之越趨惡劣，令王莽更受儒生及人民的擁戴。公元 9 年，王莽篡漢自立，建國號「新」。
王莽雖為外戚，卻以儒聖自居。從偽造符瑞以迎合「五德終始說」和「讓國論」，到種種不合時宜的託古改制，他某程度上代表西漢諸儒將其政治理想 (如王田、禁止蓄婢等) 實現。
劉歆乘王莽崛起，充當其心腹，為其歌功頌德，有「國師」之稱。他把古文經 (魯恭王在孔子故居中發現) 列入學官，以別於西漢之推崇今文經。
思想上，劉歆認為「太極元氣」是宇宙的根本，在元氣尚未分化前，天、地、人混合為一。他又相信天人感應之說，並把孔子還原為一史學家、哲學家和教育家，不再將其神化。
隨著王莽改制失敗，西漢諸儒的政治藍圖被證明不可行。這是一整代儒者的失敗，非王莽一個人的過失。
(七) 東漢儒學之萎靡與魏晉玄學的興起
儒生本來有三重功能：
a. 為政府出謀獻策，提供具建設性的意見；
b. 監督政府施政，予以適切的批評；
c. 傳承先賢的學問。
王莽失敗後，博士官著力於 c，太學生傾向從事 b，a 反而乏人問津。
東漢章帝建初四年 (公元 79 年)，楊終上奏：「宣帝博徵群儒，論定五經於石渠閣。方今天下少事，學者得成其業，而章句之徒，破環大體。宜如石渠故事，永為後世則。」白虎觀會議於是召開，聚集各地名儒討論五經異同。
會議內容由班固紀錄，寫成《白虎通義》四卷。《通義》肯定了：
I. 氣化宇宙論
「始起先有太初，然後有太始，形兆既成，名曰太素。混濁相連，視之不見，聽之不聞。然後剖判，清濁既分，精曜出布，庶物施生。……故《乾鑿度》云：『太初者，氣之始也；太始者，形之始也；太素者，質之始也。』」
II. 三綱五常
「子順父，妻順夫，臣順君，何法？法地順天」
「三綱之義，日為君，月為臣也」
「君有眾民，何法？法天有眾星也」
「三綱者何謂也？謂君臣、父子、夫婦也……『君為臣綱，父為子綱，夫為妻綱。』……人皆懷五常之性，有親愛之心，是以綱紀為化，若羅網之有紀綱而萬目張也」
「君臣法天，取象日月屈信 (伸)，歸功天也。父子法地，取象五行轉相生也。夫婦法人，取象六合陰陽，有施化端也」
這些都是董仲舒《春秋繁露》的見解，被予以系統化。
思想統一的好處是，儒門各家派的意見分歧被一掃而空。然而，它也帶來壞處，就是思想僵化，一乘不變，失去活力。
加上如漢光武帝舅舅樊宏的族曾孫樊準所言：「今學者蓋少，遠方尤甚。博士倚席不講，儒者競論浮麗，忘謇謇之忠，習諓諓之辭。」(《後漢書・樊宏陰識列傳》，《北堂書鈔》:「(樊準) 乃上疏曰：『今學約少，遠方尤甚，博士倚席不講，太學多治產業。』」) 博士官沉迷章句辨析，太學變成經濟生產場所，傳承先賢學問其實流於形式，讀儒書的人亦開始尚功利。
兩次黨錮之禍後，太學生不復談政府施政，儒生群體遂出現阮籍＜大人先生傳＞所描述的不堪狀況：
或遺大人先生書，曰：「天下之貴，莫貴於君子。服有常色，貌有常則，言有常度，行有常式。立則磬折，拱若抱鼓。動靜有節，趨步商羽，進退周旋，咸有規矩。心若懷冰，戰戰慄慄。束身修行，日慎一日。擇地而行，唯恐遺失。誦周、孔之遺訓，嘆唐、虞之道德，唯法是修，為禮是克。手執珪璧，足履繩墨，行欲為目前檢，言欲為無窮則。少稱鄉閭，長聞邦國，上欲圖三公，下不失九州牧。故挾金玉，垂文組，享尊位，取茅土。揚聲名於後世，齊功德於往古。奉事君上，牧養百姓。退營私家，育長妻子。卜吉宅，慮乃億祉。遠禍近福，永堅固己。此誠士君子之高致，古今不易之美行也，今先生乃披髮而居巨海之中，與若君子者遠，吾恐世之嘆先生而非之也。行為世所笑，身無由自達，則可謂恥辱矣。身處困苦之地，而行為世俗之所笑，吾為先生不取也。」
值得注意是：
「行欲為目前檢，言欲為無窮則。少稱鄉閭，長聞邦國」
「上欲圖三公，下不失九州牧。故挾金玉，垂文組，享尊位，取茅土。揚聲名於後世，齊功德於往古」
「奉事君上，牧養百姓。退營私家，育長妻子。卜吉宅，慮乃億祉。遠禍近福，永堅固己」
何其自私！何其功利！
今汝尊賢以相高，競能以相尚，爭勢以相君，寵貴以相加，趨天下以趣之，此所以上下相殘也。竭天地萬物之至，以奉聲色無窮之欲，此非所以養百姓也。於是懼民之知其然，故重賞以喜之，嚴刑以威之。財匱而賞不供，刑盡而罰不行，乃始有亡國、戮君、潰敗之禍。此非汝君子之為乎？汝君子之禮法，誠天下殘賊、亂危、死亡之術耳！而乃目以為美行不易之道，不亦過乎！
大人先生這番話，是大張撻伐，鞭撻漢晉的儒生們，即博士官及太學生。
心術不正，思想單寡，天天鑽故紙堆，此距離儒家的初衷遠矣！
有心靈跳脫、稟氣極佳者，如何晏、王弼、嵇康、阮籍等，援引老莊道家義理入儒家詞句中，並主張「越名教而任自然」。這對漢末儒學走出困局是有助益的。
(八) 山東諸儒作為穩定及鞏固政權的力量，兼論宋明新儒學之所以為新
西漢能夠出現治世，山東諸儒功不可沒。叔孫通訂朝儀、陸賈「行仁義，法先聖」、賈誼「眾建諸侯而少其力」，皆有效針對漢初管治問題而予以救正。換言之，山東諸儒乃穩定漢室政權的重要柱石。
唯社會經濟改革上，諸儒歸納前人意見，提出比較貼近「平均主義」的方案，此不免觸及大地主及商人的既得利益，容易惹起極大的反彈，王葬便是因貫徹「左傾」遭殃。
呂思勉說：「王莽的失敗，不是王莽一個人的失敗，乃是先秦以來言社會改革者公共的失敗。因為王莽所行，並不是王莽一個人的意見，乃是先秦以來言社會改革者公共的意見。王莽只是此等意見的集大成。經過這一次改革失敗之後，人遂群認根本改革為不可能，想把亂世逆挽之而至於小康的思想，從此告終了。中國的社會改革運動，至此遂告長期的停頓。」(《中國通史》)
山東諸儒講究經世致用，致用則必先通經，通經是手段，致用是目的。西漢時，通經是要明白經中的微言大義。到了東漢，微言大義一轉而為名物訓詁、章句辨析。有謂清代考據之學即漢學，其實只有東漢著重訓詁考據，西漢諸儒並非如此。西漢諸儒更近清中葉以後的常州學派 (以莊存與、莊述祖、莊綬甲、劉逢祿為代表人物，主要研究《公羊春秋》)。
歷魏晉南北朝至隋唐五代，氣化宇宙論、「人之誠有貪有仁，仁貪之氣兩在於身」(董仲舒《春秋繁露》) 等仍是思想的主流。
直到兩宋，理學家拈出超越的天理以凌駕、妙運著氣，理氣二分正式取代了唯氣論。
另外，張橫渠言：「聖人盡性，不以見聞梏其心，其視天下，無一物非我，孟子謂盡心則知性知天以此。」(＜正蒙・大心篇＞) 把心、性、天理一線貫通，心明顯不是「栣眾惡於內，弗使得發於外者」的經驗義的心，性亦非材質之性、食色之性，心是超越的道德本心，性是人之所以異於禽獸的幾希之性，此已完全擺脫荀學，而重歸孟子。
程明道言：「醫書言手足痿痺為不仁，此言最善名狀。仁者，以天地萬物為一體，莫非己也。」以疾痛相感言仁，是孔子的原始洞見。漢儒言仁，喜歡從仁字的構形和本義切入，解成「相人偶」。明道與漢儒有根本分別。
宋明理學之所以被稱作「新儒學」，是因為其思想內涵跟兩漢以降儒生所篤信截然不同。兩個標誌性的轉變是：
i. 以往孔荀並稱，現在則孔孟連稱，荀子成為歧出。
ii. 以往治五經，現在則治四書 (《論語》、《孟子》、《大學》、《中庸》)。
不過，宋初諸儒歐陽修等人 (＜答李詡第二書＞：「夫性，非學者之所急，而聖人之所罕言也」)、神宗朝改革家王安石、南宋事功學派葉適、明中葉張居正，仍沿襲漢儒思路，有趣的是，他們經學造詣不俗，且有極強烈的參與政治、革新政治的志趣。
