「趙參魯事件」令人覺得張居正禁制異見聲音，偏袒宦官集團 (儘管實際上他被宦官集團怨恨)。不久，他又和給事中、御史發生矛盾。
為了對行政機構的官員予以制衡，明代設有監察御史和給事中。監察御史隸屬都察院，專門對違法官吏進行彈劾，並對地方行政所存在的弊端上奏。給事中分為吏、戶、禮、兵、刑、工六科，六科在體制上為監察約制吏、戶、禮、兵、刑、工六部的制衡機構，所謂「掌侍從、規諫、補闕、拾遺、稽察六部百司之事」。
張居正推行「考成法」，對給事中非常重視，引為得力的助手，規定：
(1) 六部和都察院把所屬官員應辦的事情定立期限，並分別登記在三本賬簿上，一本由六部和都察院留作底冊，另一本送六科，最後一本呈內閣。
(2)
六部和都察院按賬簿登記，逐月對所屬官員承辦的事情進行檢查，每完成一件須登出一件，反之必須如實申報，否則以違罪處罰；六科亦可根據賬簿登記，要求六部每半年上報一次執行情況，違者限事例進行議處；最後內閣同樣亦依賬簿登記，對六科的稽查工作進行查實。
「內閣 - 六科 - 六部、都察院」層層查檢，以裁撤缺乏辦事效率的冗官，實為「考成法」之精髓。在此，給事中必須和內閣首輔保持高度一致，互相合作。
可惜在糾正御史不良作風的問題上，給事中和張居正出現意見分歧。
御史負責監督地方行政，對地方官員有所苛責，在所難免。張居正竟想改革御史的陋習，此舉引起御史們反感。
居正以御史在外，往往凌撫臣，痛欲折之。一事小不合，詬責隨下，又敕其長加考察。
余懋學率先發難，請張居正行「寬大之政」，余氏乃給事中。
給事中余懋學請行寬大之政。
余懋學說：「政嚴則苦，法密則擾，非所以培元氣存大體也。希望本之和平，依於忠厚，寬嚴相濟，政是以和。」此是儒家的路數，講究中庸之道。
張居正卻勃然大怒，以為余氏諷刺他，將其革職，永不錄用。
居正以為風己，削其職。
時居正方務綜覈，而懋學疏與之忤，斥為民，永不敍錄。
余懋學請行「寬大之政」，背後可能涉及對「考成法」執行的反思。奈何張居正一律聽不入耳。
士子皓首窮經不過求出仕為官。今余懋學變相被禁錮終身，張居正的門生御史傅應禎終於按耐不住，加入戰圈，為余氏講說話。
御史傅應禎繼言之，尤切。
傅應禎上疏神宗：「陛下登極初，召用直臣石星、李已，臣工無不慶幸。近則趙參魯糾中涓而謫為典史，余懋學陳時政而錮之終身，他如胡執禮、裴應章、侯於趙、趙煥等封事累上，一切置之，如初政何？臣請擢參魯京職，還懋學故官，為人臣進言者勸。」
張居正怪責傅應禎以王安石影射他，以及替余懋學說項，將其投下詔獄，輾轉謫戍定海。
下詔獄，杖戍。
疏奏，居正以疏中王安石語侵己，大怒，調旨切責；以其詞及懋學，執下詔獄，窮治黨與。應禎瀕死無所承，乃謫戍定海。
給事中嚴用和、御史劉天衢等上疏援救傅應禎，未能成功。給事中徐貞明偕同御史李禎、喬巖到監獄探望傅應禎，被錦衣衛發現，通報張居正，三人被逮捕，貶出京城。
給事中嚴用和、御史劉天衢等疏救，不聽。方應禎下獄，給事中徐貞明偕御史李禎、喬巖入視之。錦衣帥余蔭以聞，三人亦坐謫。
給事中徐貞明等群擁入獄，視具橐饘，亦逮謫外。
御史劉臺巡按遼東，因誤傳捷報，被張居正援引舊例督正。劉臺心裡不服氣，上疏批評張居正「專恣不法」，神宗把他下詔獄，廷杖一百後戍邊。張居正加以營救，劉臺被除去官籍，降為平民。
御史劉臺按遼東，誤奏捷。居正方引故事繩督之，臺抗章論居正專恣不法，居正怒甚。帝為下臺詔獄，命杖百，遠戍。居正陽具疏救之，僅奪其職。
這裡其實已經可以看出張居正的陰險。大權操在張居正之手，把劉臺下詔獄、杖打等，果真是神宗主意？當然不是。不坦白承認自己痛恨劉臺，更要偽裝營救，令劉臺降為平民，此完全背離儒門講究的真誠。勿忘記劉臺是張居正錄取的進士
(「且臺為臣所取士」)，如此心狠手辣，張居正人格之醜陋至此全幅朗現。
經過連串事件，給事中和御史們都知道，張居正並非善男信女。他矯情偽善，專橫獨裁，手段毒辣，卻掌握大權，左右朝政。唯一自保之道是：違心地順從他的意思，不跟他頂撞。
由是諸給事御史益畏居正，而心不平。
從呂調陽不敢持異見、張四維視自己為張居正的屬吏，難怪張居正自豪地說：「吾非 (宰) 相，乃攝 (政) 也」。
當是時，太后以帝沖年，尊禮居正甚至，同列呂調陽莫敢異同。及吏部左侍郎張四維入，恂恂若屬吏，不敢以僚自處。
