張居正最為人詬病的一件事是，他以神宗的名義，頒詔禁毀天下書院，並大力取締民間講學活動，事在萬曆七年 (1579 年)。
禁毀書院非張居正首創，根據黃文樹《張居正的教學思想與教育變革》，早在嘉靖十六年 (1537
年)，御史游居敬奏劾書院講學者「倡其邪說，廣收無賴，私創書院」。
「邪說」當指陽明學派的心學主張，因與官方朱子《四書集註》迥異，故云「邪」。
(陽明學派) 事不師古，言不稱事，欲立異以為高，則非朱熹格物致知之論......背謬彌甚。(陳鶴《明紀》)
「無賴」，按照黃梨洲《明儒學案》中＜泰州學案＞：「泰州之後，其人多能以赤手搏龍蛇，傳至顏山農、何心隱一派，遂復非名教之所能羈絡矣」，當指泰州派一路人物。
除了游居敬，吏部尚書許讚也認為各地創辦書院，導致官學廢壞不修，既干擾官學，又浪費財力，「申毀天下書院」。
不過，礙於書院的聲望極高，加上其已取代官學成為主要教育機構，世宗年間並未出現禁毀書院。
到了張居正出任內閣首輔，因推行改革，致使朝中一部份人不滿。這些人或唆使給事中御史上疏，或在地方利用書院講壇，批評時政。張居正希望加強對思想輿論的控制，為改革減少阻力，遂毅然禁毀私建書院。
另外，張居正在＜請申舊章飭學政以振興人才疏＞中說：
聖賢以經術垂訓，國家以經術作人。若能體認經書，便是講明學問，何必又別標門戶，聚黨空談。今後各提學官督率教官生儒，務將平日所習經書義理，著實講求，躬行實踐，以需他日之用，不許別創書院，群聚徒黨及號召他方遊食無行之徒，空談廢業，因而啟奔競之門，開請託之路。
張居正極度厭惡聚徒空談，覺得空談義理，不去實踐，只會造成「(士人)
想入仕途就『走後門』攀附權貴」的官場陋習。而他把私建書院等同聚徒空談，「不許別創書院」的主張於是被逼出。
鄙視講學、空談，是清代儒者一貫特色，他們講求經世致用。張居正可謂開創先河矣！
萬曆七年春天，全國六十四處書院被毀，盡改以為公廨
(官署)。書院所擁有的糧田全部改歸當地里甲所有。同時禁止聚集遊食無賴之人，聯講會、創書院，擾害地方。並敕令各地巡按御史、提學官嚴加查訪，奏聞處置。
張居正禁毀書院，陽明學派受創至鉅。從正德、嘉靖至萬曆年間，陽明後學主要依賴書院弘揚心學主張，歷久不衰。
張居正不只清除私建書院，還要打擊民間的自由講學。偏偏王門弟子如錢德洪、王畿、鄒守益、王襞等最喜歡到處遊講，居正等於要把陽明學連根拔起。
毀書院，禁講學，卒之激起陽明學派的反彈，泰州派何心隱高舉「持正義，逐江陵去位，一新時局」，成為反張的急先鋒。
關於張居正和何心隱的恩怨，將在下章詳述。今先指出張居正的做法實對中國百害而無一利。
中國自秦以後即實行君主專制。所謂君主專制，即權力源頭是皇帝，卻無權力監察 / 制衡制度。錢穆把秦朝的宰相、唐朝的門下省、宋明的言官看作對君權的制衡
(《中國歷代政治得失》)。然而，誠如勞思光指出，這些乃屬於「第二義的權力制衡」，非「第一義」(著眼於權力基礎，設立一制度，以排除濫用權力之可能，參《中國文化要義新編》)，宰相、言官仍有被皇帝罷免的可能。
要令皇帝不敢胡亂運用手中的權力，必須增加額外的壓力。自東漢開始，太學生清議、臧否人物構成輿論，輿論監督著政府，使皇帝及朝中官員不敢造次。從此，歷朝歷代都有士人對時政發不平鳴，向政府施壓，宋儒汲汲於以「道統」匡正「政統」，是有歷史淵源的。
宋代書院盛行，士人都向書院集中，尤其是朝政昏亂不堪時。明太祖朱元璋賤視儒生，有骨氣的士人多不願出仕為官，寧願走進書院講學。當時的書院，實際上是全國道德力量之所在，是匡正「政統」的「道統」。
書院講學難免聚徒空談，但所聚之徒都是懷有道德氣節的、所談大多是不滯窒於現實私利的
(故能直抒胸臆)。張居正將書院剷去，等同把改良明朝政治的力量消滅。更為深遠的是，他無異於為古代中國拆除一君權制衡的裝置，使古代中國由文明進步的狀態倒退至黑暗獨裁
(請緊記，明太祖已經廢宰相)。
禁止遊講，雖然張居正的初心是為改革，但一個改革會令到人無法到處自由發表意見，此改革是什麼貨色，可想而知。
黃梨洲《明夷待訪錄》言：「學校之盛衰，關係天下之盛衰」，西方近代憲政民主把言論自由列入不可侵犯的基本自由 (basic liberties)
的行列，熊十力稱讚張居正是「漢以後二千餘年人物，真有公誠之心，剛大之氣，而其前識遠見，灼然於國覆種奴之禍，已深伏於舉世昏偷，苟安無事之日」未免過譽了。
