自百濟落入唐室控制後，麟德二年（乙丑，公元六六五年）七月，高宗命熊津都尉扶餘隆（百濟王子）與新羅王金法敏不計舊怨。
上命熊津都尉扶餘隆與新羅王法敏釋去舊怨。（資治通鑑卷二百零一）
八月，扶餘隆更被安排與金法敏結盟於熊津城。
八月，壬子，同盟于熊津城。（資治通鑑卷二百零一）
隨著新羅、百濟、耽羅、倭國使者西還，劉仁軌亦返回中原，與高宗等人共祠泰山。高麗方面，其王亦派遣太子福男來侍祠。
劉仁軌以新羅、百濟、耽羅、倭國使者浮海西還，會祠泰山，高麗亦遣太子福男來侍祠。（資治通鑑卷二百零一）
封禪大典後，劉仁軌被任為右相。
以大司憲兼檢校太子左中護劉仁軌為右相。（資治通鑑卷二百零一）
在過去的日子中，仁軌亦曾遭受李義府怨恨。其任給事中時，曾因畢正義之事，被貶為青州刺史。
初，仁軌為給事中，按畢正義事，李義府怨之，出為青州刺史。（資治通鑑卷二百零一）
及後高宗出兵百濟，仁軌負責運糧渡海。由於義府監督嚴苛，仁軌運糧之船被迫在風暴中航行，結果「遭風失船，丁夫溺死甚衆」。高宗於是命監察御史袁異式前往調查。
會討百濟，仁軌當浮海運糧，時未可行，義府督之，遭風失船，丁夫溺死甚眾，命監察御史袁異式往鞫之。（資治通鑑卷二百零一）
義府打算巴結袁異式，除去劉仁軌。可是，異式未有聽從。其後，義府又慫恿高宗「不斬仁軌，無以謝百姓」，幸得源直心進言，仁軌才得保性命。高宗最後命仁軌除名，以白衣從軍自效。
義府謂異式曰：「君能辦事，勿憂無官。」異式至，謂仁軌曰：「君與朝廷何人為讎，宜早自為計。」仁軌曰：「仁軌當官不職，國有常刑，公以法斃之，無所逃命。若使遽自引決以快讎人，竊所未甘！」乃具獄以聞。異式將行，仍自掣其鎖。獄上，義府言於上曰：「不斬仁軌，無以謝百姓。」舍人源直心曰：「海風暴起，非人力所及。」上乃命除名，以白衣從軍自效。（資治通鑑卷二百零一）
義府又曾引劉仁願以害劉仁軌，仁願終不忍下手。
義府又諷劉仁願使害之，仁願不忍殺。（資治通鑑卷二百零一）
隨著仁軌升任大司憲，異式因恐懼仁軌計較舊日恩怨，心中常不自安。正當異式惶惶不可終日時，仁軌竟對異式以德報怨，異式先被升遷為詹事丞，再被仁軌舉為司元大夫。
及為大司憲，異式懼，不自安，仁軌瀝觴告之曰：「仁軌若念疇昔之事，有如此觴！」仁軌既知政事，異式尋遷詹事丞；時論紛然，仁軌聞之，遽薦為司元大夫。（資治通鑑卷二百零一）
杜易簡曾批評仁軌所為乃「矯枉過正」，但從另一方面看，其也算得上是「求仁得仁」吧！
監察御史杜易簡謂人曰：「斯所謂矯枉過正矣！」（資治通鑑卷二百零一）
