宮中方面，許敬宗、李義府用事，二人更從太常博士蕭楚材的意見，「以為豫備凶事，非臣子所宜言」，將長孫無忌所修的新禮中《國恤》一篇焚毀，自此，新禮中缺少了凶禮。
春，正月，戊子，長孫無忌等上所修新禮；詔中外行之。先是，議者謂貞觀禮節文未備，故命無忌等修之。時許敬宗、李義府用事，所損益多希旨，學者非之。太常博士蕭楚材等以為豫備凶事，非臣子所宜言；敬宗、義府深然之，遂焚《國恤》一篇，由是凶禮遂闕。（資治通鑑卷二百）
李義府自恃有武皇后支持，其母、妻及諸子、女婿，竟賣官鬻獄，多樹朋黨，儼然成一勢力集團。
中書令李義府有寵於上，諸子孩抱者並列清貴。而義府貪冒無厭，母、妻及諸子、女婿，賣官鬻獄，其門如市，多樹朋黨，傾動朝野。（資治通鑑卷二百）
當時，中書令杜正倫每以太宗遺臣自處，義府則自恃有寵於上，絲毫不讓杜正倫。二人由是有嫌隙，更曾在高宗面前發生爭執。
中書令杜正倫每以先進自處，義府恃恩，不為之下，由是有隙，與義府訟於上前。（資治通鑑卷二百）
高宗以二人不和，加以斥責。顯慶三年（戊午，公元六五八年）十一月，乙酉，高宗貶杜正倫為橫州刺史，李義府為普州刺史。杜正倫不久死於橫州。
上以大臣不和，兩責之。十一月，乙酉，貶正倫橫州刺史，義府普州刺史。正倫尋卒於橫州。（資治通鑑卷二百）
李義府雖然被貶，武后在朝中仍有相當大的影響力。她的心腹之一許敬宗不久升為中書令。
戊戌，以許敬宗為中書令，大理卿辛茂將為兼侍中。（資治通鑑卷二百）
另一邊廂，「關隴集團」之舊臣相繼離世，包括尉遲敬德。
開府儀同三司鄂忠武公尉遲敬德薨。敬德晚年閒居，學延年術，修飾池台，奏清商樂以自奉養，不交通賓客，凡十六年。年七十四，以病終，朝廷恩禮甚厚。（資治通鑑卷二百）
以及褚遂良。
是歲，愛州刺史褚遂良卒。（資治通鑑卷二百）
長孫無忌在朝中顯得勢孤力弱，其欲與武后抗衡，只怕並不容易。
又李義府雖身在外地，武皇后仍然時常派人保護之。
雍州司士許禕與來濟善，侍御史張倫與李義府有怨，吏部尚書唐臨奏以禕為江南道巡察使，倫為劍南道巡察使。是時義府雖在外，皇后常保護之。以臨為挾私選授。（資治通鑑卷二百）
武后之陣營其實並未受損。
早在廢立王皇后一事上，武后已不滿長孫無忌、于志寧等人之所為。
武后以太尉趙公長孫無忌受重賜而不助己，深怨之。及議廢王后，燕公于志寧中立不言，武后亦不悅。（資治通鑑卷二百）
許敬宗和長孫無忌亦有仇怨。武后於是令許敬宗伺機陷害之。
許敬宗屢以利害說無忌，無忌每面折之，敬宗亦怨。武后既立，無忌內不自安，后令敬宗伺其隙而陷之。（資治通鑑卷二百）
適逢洛陽人李奉節告韋季方、李巢結黨營私，武后於是敕令許敬宗與辛茂將加以調查。許敬宗在調查的過程中，由於審問過分壓迫，韋季方抵受不住，竟然自殺，幸而不死。
會洛陽人李奉節告太子洗馬韋季方、監察御史李巢朋黨事，敕敬宗與辛茂將鞫之。敬宗按之急，季方自刺，不死。（資治通鑑卷二百）
然而，許敬宗竟把季方之自殺塑造成畏罪自盡，所謂「季方欲與無忌構陷忠臣近戚，使權歸無忌，伺隙謀反，今事覺，故自殺」。敬宗這樣做，目的自然是陷害長孫無忌。
敬宗因誣奏季方欲與無忌構陷忠臣近戚，使權歸無忌，伺隙謀反，今事覺，故自殺。（資治通鑑卷二百）
高宗初不相信長孫無忌有謀反之心，但在敬宗步步述說後，高宗心態漸生動搖。
上驚曰：「豈有此邪！舅為小人所間，小生疑阻則有之，何至於反！」敬宗曰：「臣始末推究，反狀已露，陛下猶以為疑，恐非社稷之福。」上泣曰「我家不幸，親戚間屢有異志，往年高陽公主與房遺愛謀反，今元舅復然，使朕慚見天下之人。茲事若實，如之何？」對曰：「遺愛乳臭兒，與一女子謀反，勢何所成！無忌與先帝謀取天下，天下服其智；為宰相三十年，天下畏其威；若一旦竊發，陛下遣誰當之？今賴宗廟之靈，皇天疾惡，因按小事，乃得大奸，實天下之慶也。臣竊恐無忌知季方自刺，窘急發謀，攘袂一呼，同惡雲集，必為宗廟之憂。臣昔見宇文化及父述為煬帝所親任，結以昏煙，委以朝政；述卒，化及復典禁兵，一夕於江都作亂，先殺不附己者，臣家亦豫其禍，於是大臣蘇威、裴矩之徒，皆舞蹈馬首，唯恐不及，黎明遂傾隋室。前事不遠，願陛下速決之！」上命敬宗更加審察。（資治通鑑卷二百）
高宗所以不信長孫無忌，而為敬宗所欺，此一方面固然由於敬宗之善於詞令，但另一方面，高陽公主與房遺愛謀反事件帶給高宗的不良印象，亦是驅使高宗不輕信長孫無忌的一個重大原因。
高宗雖命敬宗更加審察，但敬宗本欲置無忌於死地，欲加之罪，何患無辭。終於，敬宗依舊奏稱無忌謀反，更牽連及於柳奭、褚遂良、韓瑗等人（這些人物皆屬於「關隴集團」）。
明日，敬宗復奏曰：「去夜季方已承與無忌同反，臣又問季方：『無忌與國至親，累朝寵任，何恨而反？』季方答云：『韓瑗嘗語無忌云：「柳奭、褚遂良勸公立梁王為太子，今梁王既廢，上亦疑公，故出高履行於外。」自此無忌憂恐，漸為自安之計。後見長孫祥又出，韓瑗得罪，日夜與季方等謀反。』臣參驗辭狀，咸相符合，請收捕准法。」（資治通鑑卷二百）
高宗終聽信許敬宗之讒言，在不讓無忌辯白的情況下，下詔削除無忌的太尉官職及封邑，以為揚州都督。
上又泣曰：「舅若果爾，朕決不忍殺之；若果殺之，天下將謂朕何！後世將謂朕何！」敬宗對曰：「薄昭，漢文帝之舅也，文帝從代來，昭亦有功，所坐止於殺人，文帝遣百官素服哭而殺之，至今天下以文帝為明主。今無忌忘兩朝之大恩，謀移社稷，其罪與薄昭不可同年而語也。幸而奸狀自發，逆徒引服，陛下何疑，猶不早決！古人有言：『當斷不斷，反受其亂。』安危之機，間不容髮。無忌今之奸雄，王莽、司馬懿之流也；陛下少更遷延，臣恐變生肘腋，悔無及矣！」上以為然，竟不引問無忌。戊辰，下詔削無忌太尉及封邑，以為揚州都督，於黔州安置，准一品供給。祥，無忌之從父兄子也，前此自工部尚書出為荊州長史，故敬宗以此誣之。（資治通鑑卷二百）
柳奭、韓瑗亦被除名，于志寧則被免官。高履行被貶為洪州都督。至於已經身故的褚遂良，則被詔追削官爵。
敬宗又奏：「無忌謀逆，由褚遂良、柳奭、韓瑗構扇而成；奭仍潛通宮掖，謀行鴆毒，于志寧亦黨附無忌。」於是詔追削遂良官爵，除奭、瑗名，免志寧官。遣使發道次兵援送無忌詣黔州。（資治通鑑卷二百）
益州長史高履行累貶洪州都督。（資治通鑑卷二百）
長孫無忌、褚遂良至此可謂徹底失勢。換句話說，武后及其黨羽已全面控制朝中大小事務。
無忌子秘書監駙馬都尉沖等皆除名，流嶺表。遂良子彥甫、彥沖流愛州，於道殺之。（資治通鑑卷二百）
伴隨著無忌等人的失勢，任雅相、盧承慶等人相繼被重用。
五月，丙申，兵部尚書任雅相、度支尚書盧承慶並參知政事。承慶，思道之孫也。（資治通鑑卷二百）
涼州刺史趙持滿，亦因和韓瑗、長孫無忌有親戚關係，而被誣陷與無忌聯合謀反。其最後被誅殺，屍首置於城西，親戚竟不敢視之。
涼州刺史趙持滿，多力善射，喜任俠，其從母為韓瑗妻，其舅駙馬都尉長孫銓，無忌之族弟也，銓坐無忌，流巂州。許敬宗恐持作難，誣云無忌同反，驛召至京師，下獄，訊掠備至，終無異辭，曰：「身可殺也，辭不可更！」吏無如之何，乃代為獄辭結奏。戊戌，誅之，屍於城西，親戚莫敢視。（資治通鑑卷二百）
幸得一友人王方翼，為之收而葬之。方翼乃已故王皇后之從祖兄。
友人王方翼歎曰：「欒布哭彭越，義也；文王葬枯骨，仁也。下不失義，上不失仁，不亦可乎！」乃收而葬之。上聞之，不罪也。方翼，廢后之從祖兄也。（資治通鑑卷二百）
長孫銓不久亦被杖殺。
長孫銓至流所，縣令希旨杖殺之。（資治通鑑卷二百）
然武后並未止於此。其先命許敬宗改《氏族志》為《姓氏錄》。
六月，丁卯，詔改《氏族志》為《姓氏錄》。（資治通鑑卷二百）
初，太宗命高士廉等修《氏族志》，升降去取，時稱允當。至是，許敬宗等以其書不敘武氏本望，奏請改之，乃命禮部郎中禮志約等比類升降，以後族為第一等，其餘悉以仕唐官品高下為準，凡九等。於是士卒以軍功致位五品，豫士流，時人謂之「勳格」。（資治通鑑卷二百）
再而把長孫恩、柳奭、韓瑗加以追捕，押送三人返回京師。
秋，七月，命御史往高州追長孫恩，像州追柳奭，振州追韓瑗，並枷鎖詣京師，仍命州縣簿錄其家。恩，無忌之族弟也。（資治通鑑卷二百）
將之迫死。
詔柳奭、韓瑗所至斬決。使者殺柳奭於象州。韓瑗已死，發驗而還。籍沒三家，近親皆流嶺南為奴婢。（資治通鑑卷二百）
長孫無忌方面，其亦被逼自縊於黔州。長孫祥被判處絞刑，長孫恩則被流放檀州。
壬寅，命李勣、許敬宗、辛茂將與任雅相、盧承慶更共覆按無忌事。許敬宗又遣中書舍人袁公瑜等詣黔州，再鞫無忌反狀，至則逼無忌令自縊。（資治通鑑卷二百）
常州刺史長孫祥坐與無忌通書，處絞。長孫恩流檀州。（資治通鑑卷二百）
武后做事之狠辣、斬草除根，令人不禁悚懼。
對長孫無忌之誣害，事在高宗顯慶四年（己未，公元六五九年）四月至七月。無忌失勢後，最大得益者自然是武后之黨羽，包括李義府。
（顯慶四年）八月，壬子，以普州刺史李義府兼吏部尚書、同中書門下三品。義府既貴，自言本出趙郡，與諸李敘昭穆；無賴之徒藉其權勢，拜伏為兄叔者甚眾。給事中李崇德初與同譜，及義府出為普州，即除之。義府聞而銜之，及復為相，使人誣構其罪，下獄，自殺。（資治通鑑卷二百）
「關隴集團」則成為最大的輸家，高履行、于志寧先後被貶。
乙卯，長孫氏、柳氏緣無忌、奭貶降者十三人。高履行貶永州刺史。於志寧貶榮州刺史，于氏貶者九人。（資治通鑑卷二百）
誠如司馬光所言，自此以後，唐之朝政全為武后所把持。
自是政歸中宮矣。（資治通鑑卷二百）
