自太宗征高麗無功後，高麗之泉蓋蘇文益趨驕恣。其雖派遣使節來華，又上表太宗，但其上表之言多詭誕，又待唐使者以倨慢，並常派兵至邊境窺伺。太宗多次敕令其勿攻新羅，泉蓋蘇文竟不聽，依舊侵凌不止。太宗終在貞觀二十年年底決定不再受其朝貢，令朝臣商議再討高麗之事宜。
上自高麗還，蓋蘇文益驕恣，雖遣使奉表，其言率皆詭誕；又待唐使者倨慢，常窺伺邊隙。屢敕令勿攻新羅，而侵陵不止。壬申，詔勿受其朝貢，更議討之。（資治通鑑卷一百九十八）
貞觀二十一年（丁未，公元六四七年）二月，太宗命朝臣商議討伐高麗之事。三月，太宗以牛進達為青丘道行軍大總管，李海岸負責協助，發兵萬餘人，由萊州經海路出發。另一邊廂，他又派李世勣為遼東道行軍大總管，孫貳朗負責協助，統兵三千人，與營州都督府兵自新城道入。海、陸兩軍並進。
上將復伐高麗，朝議以為：「高麗依山為城，攻之不可猝拔。前大駕親征，國人不得耕種，所克之城，悉收其谷，繼以旱災，民太半乏食。今若數遣偏師，更迭擾其疆場，使彼疲於奔命，釋耒入堡，數年之間，千里蕭條，則人心自離，鴨綠之北，可不戰而取矣。」上從之。三月，以左武衛大將軍牛進達為青丘道行軍大總管，右武候將軍李海岸副之，發兵萬餘人，乘樓船自萊州泛海而入。又以太子詹事李世勣為遼東道行軍大總管，右武衛將軍孫貳朗等副之，將兵三千人，因營州都督府兵自新城道入。（資治通鑑卷一百九十八）
不論是牛進達，還是李世勣之軍隊，太宗皆選習水善戰者配之。
兩軍皆選習水善戰者配之。（資治通鑑卷一百九十八）
七月，牛進達、李海岸登陸高麗國境，與高麗兵大戰百餘場，未有不報捷。不久，石城被攻破。牛進達、李海岸等人乘機進軍至積利城下，高麗派兵士萬餘人出戰，海岸擊破之，斬首二千級。
秋，七月，牛進達、李海岸入高麗境，凡百餘戰，無不捷。攻石城，拔之。進至積利城下，高麗兵萬餘人出戰，海岸擊破之，斬首二千級。（資治通鑑卷一百九十八）
李世勣方面，其渡遼後，歷經南蘇等城，高麗兵多背城拒戰，為世勣奮勇擊破之。
李世勣軍既渡遼，歷南蘇等數城，高麗多背城拒戰，世勣擊破其兵，焚其羅郭而還。（資治通鑑卷一百九十八）
太宗為協助唐軍之遠征，敕令宋州刺史王波利等發江南十二州工人造大船數百艘。
戊戌，敕宋州刺史王波利等發江南十二州工人造大船數百艘，欲以征高麗。（資治通鑑卷一百九十八）
雖然高麗王已派其子莫離支任武來中原謝罪。
高麗王使其子莫離支任武入謝罪，上許之。（資治通鑑卷一百九十八）
可是，太宗仍未有放緩軍事行動，其詔用薛萬徹為青丘道行軍大總管，裴行方負責協助，領兵三萬餘人及樓船戰艦自萊州出海，以擊高麗。
丙午，詔以右武衛大將軍薛萬徹為青丘道行軍大總管，右衛將軍裴行方副之，將兵三萬餘人及樓船戰艦自萊州泛海以擊高麗。（資治通鑑卷一百九十八）
貞觀二十二年（戊申，公元六四八年）四月，甲子，烏胡鎮將古神感領兵助唐室大破高麗兵。
甲子，烏胡鎮將古神感將兵浮海擊高麗，遇高麗步騎五千，戰於易山，破之。其夜，高麗萬餘人襲神感船，神感設伏，又破之而還。（資治通鑑卷一百九十九）
六月，太宗以高麗國力窘困，於是打算在明年發三十萬眾，對高麗作出總攻擊。
上以高麗困弊，議以明年發三十萬眾，一舉滅之。（資治通鑑卷一百九十九）
發動總攻擊之前，太宗又積極預備所需舟艦。西南部巴蜀地區（即「劍南」）自隋末以來甚少為戰亂所影響，百姓富庶，太宗於是決定用西南部巴蜀地區作為製造舟艦的主要地方。
或以為大軍東征，須備經歲之糧，非畜乘所能載，宜具舟艦為水運。隋末劍南獨無寇盜，屬者遼東之役，劍南復不預及，其百姓富庶，宜使之造舟艦。上從之。秋，七月，遣右領左右府長史強偉於劍南道伐木造舟艦，大者或長百尺，其廣半之。別遣使行水道，自巫峽抵江、揚，趣萊州。（資治通鑑卷一百九十九）
太宗又下令越州都督府及婺、洪等州造海船及雙舫一千一百艘，積極備戰。
丁丑，敕越州都督府及婺、洪等州造海船及雙舫千一百艘。（資治通鑑卷一百九十九）
不過，積極備戰之背後，太宗似亦要承受一定的代價。其中之一為雅、邛、眉三州之獠亂再次出現。
強偉等發民造船，役及山獠，雅、邛、眉三州獠反。壬寅，遣茂州都督張士貴、右衛將軍梁建方發隴右、峽中兵二萬餘人以擊之。蜀人苦造船之役，或乞輸直雇潭州人造船；上許之。州縣督迫嚴急，民至賣田宅、鬻子女不能供，谷價踴貴，劍外騷然。上聞之，遣司農少卿長孫知人馳驛往視之。知人奏稱：「蜀人脆弱，不耐勞劇。大船一艘，庸絹二千二百三十六匹。山谷已伐之木，挽曳未畢，復征船庸，二事並集，民不能堪，宜加存養。」上乃敕潭州船庸皆從官給。（資治通鑑卷一百九十九）
由「州縣督迫嚴急，民至賣田宅、鬻子女不能供，谷價踴貴，劍外騷然」，可見蜀人為太宗造船所苦。三州獠反亦源於此。
另一代價為征遼將領之恃功自大。
癸未，薛萬徹等伐高麗還。萬徹在軍中，使氣陵物，裴行方奏其怨望，坐除名，流象州。（資治通鑑卷一百九十九）
由於代價沉重，不少人對太宗再度征遼持反對態度。其中包括太宗之妃子徐惠。
充容長城徐惠以上東征高麗，西討龜茲，翠微、玉華，營繕相繼，又服玩頗華靡，上疏諫，其略曰：「以有盡之農功，填無窮之巨浪；圖未獲之他眾，喪已成之我軍。昔秦皇併吞六國，反速危亡之基，晉武奄有三方，翻成覆敗之業；豈非矜功恃大，棄德輕邦，圖利忘危，肆情縱欲之所致乎！是知地廣非常安之術，人勞乃易亂之源也。」又曰：「雖復茅茨示約，猶興木石之疲，和雇取人，不無煩擾之弊。」又曰：「珍玩伎巧，乃喪國之斧斤；珠玉錦繡，實迷心之鴆毒。」又曰：「作法於儉，猶恐其奢；作法於奢，何以制後！」上善其言，甚禮重之。
（資治通鑑卷一百九十八）
大臣方面，房玄齡更是用臨終前之殘軀，勸太宗自高麗退兵。
司空梁文昭公房玄齡留守京師，疾篤，上微赴玉華宮，肩輿入殿，至御座側乃下，相對流涕，因留宮下，聞其小愈則喜形於色，加劇則憂悴。玄齡謂諸子曰：「吾受主上厚恩，今天下無事，唯東征未已，群臣莫敢諫，吾知而不言，死有餘責。」乃上表諫，以為：「《老子》曰：『知足不辱，知止不殆。』陛下功名威德亦可足矣，拓地開疆亦可止矣。且陛下每決一重囚，必令三覆五奏，進素膳，止音樂者，重人命也。今驅無罪之士卒，委之鋒刃之下，使肝腦塗地，獨不足愍乎！向使高麗違失臣節，誅之可也；侵擾百姓，滅之可也；他日能為中國患，除之可也。今無此三條而坐煩中國，內為前代雪恥，外為新羅報仇，豈非所存者小，所損者太乎！願陛下許高麗自新，焚陵波之船，罷應募之眾，自然華、夷慶賴，遠肅邇安。臣旦夕入地，儻蒙錄此哀鳴，死且不朽！」（資治通鑑卷一百九十九）
