承乾謀反而被廢，按當時之局面分析，最有機會成為新的太子者當為魏王李泰。事實上，太宗、岑文本、劉洎最初亦打算以魏王泰之皇太子。
太子承乾既獲罪，魏王泰日入侍奉，上面許立為太子，岑文本、劉洎亦勸之。（資治通鑑卷一百九十七）
然而，長孫無忌、褚遂良堅決請太宗立晉王李治為新的太子。二人的理由很簡單：倘若由魏王泰任太子，帝位日後必落入魏王泰的子孫手中，由庶出一邊繼承、而嫡長子一邊，必永遠無法繼承帝位，甚至會被殺害。只有立晉王李治，帝位才不會落入庶出一系的手上，蓋因李治乃承乾之同母弟。對於二人之理由，太宗非不知之，但他始終想立魏王泰為太子，故其流涕曰「我不能爾！」。
長孫無忌固請立晉王治。上謂侍臣曰：「昨青雀投我懷云：『臣今日始得為陛下子，乃更生之日也。臣有一子，臣死之日，當為陛下殺之，傳位晉王。』人誰不愛其子，朕見其如此，甚憐之。」諫議大夫褚遂良曰：「陛下言大失。願審思，勿誤也！安有陛下萬歲後，魏王據天下，肯殺其愛子，傳位晉王者乎！陛下日者既立承乾為太子，復寵魏王，禮秩過於承乾，以成今日之禍。前事不遠，足以為鑒。陛下今立魏王，願先措置晉王，始得安全耳。」上流涕曰：「我不能爾！」因起，入宮。（資治通鑑卷一百九十七）
魏王泰知道長孫無忌等人勸太宗立晉王李治為太子之事後，心中惶恐。其於是故意在李治面前重提他與漢王李元昌之間的關係，李治因此「憂形於色」，惶惶不可終日。
魏王泰恐上立晉王治，謂之曰：「汝與元昌善，元昌今敗，得無憂乎？」治由是憂形於色。（資治通鑑卷一百九十七）
後來，太宗見李治神色有異，詢問其故，李治如實回答，太宗始知魏王泰之真面目，「悔立泰之言」。
上怪，屢問其故，治乃以狀告；上憮然，始悔立泰之言矣。（資治通鑑卷一百九十七）
廢太子李承乾又把自己謀反之根本原因歸結到「為泰所圖」，魏王泰此時在太宗心目中之地位，必更一落千丈。
上面責承乾，承乾曰：「臣為太子，復何所求！但為泰所圖，時與朝臣謀自安之術，不逞之人遂教臣為不軌耳。今若泰為太子，所謂落其度內。」（資治通鑑卷一百九十七）
在太子承乾被廢、魏王泰心術不正之下，太宗決定接納長孫無忌、褚遂良等人的建議，詔立仁厚的晉王李治，作為新任的皇太子。至於魏王泰，則被幽禁於北苑。
無忌等請上所欲，上曰：「我欲立晉王。」無忌曰：「謹奉詔；有異議者，臣請斬之！」上謂治曰：「汝舅許汝矣，宜拜謝。」治因拜之。上謂無忌等曰：「公等已同我意，未知外議何如？」對曰：「晉王仁孝，天下屬心久矣，乞陛下試召問百官，有不同者，臣負陛下萬死。」上乃御太極殿，召文武六品以上，謂曰：「承乾悖逆，泰亦凶險，皆不可立。朕欲選諸子為嗣，誰可者？卿輩明言之。」眾皆歡呼曰：「晉王仁孝，當為嗣。」上悅，是日，泰從百餘騎至永安門；敕門司盡辟其騎，引泰入肅章門，幽於北苑。丙戌，詔立晉王治為皇太子，御承天門樓，赦天下，酺三日。上謂侍臣曰：「我若立泰，則是太子之位可經營而得。自今太子失道，籓王窺伺者，皆兩棄之，傳諸子孫，永為後法。且泰立，則承乾與治皆不全；治立，則承乾與泰皆無恙矣。」（資治通鑑卷一百九十七）
至此，帝位繼承所起之紛爭才告一段落。然而，此紛爭多少令太宗的心靈世界飽受傷害，其更幾乎意圖自盡。
承乾既廢，上御兩儀殿，群臣俱出，獨留長孫無忌、房玄齡、李世勣、褚遂良，謂曰：「我三子一弟，所為如是，我心誠無聊賴！」因自投於床，無忌等爭前扶抱；上又抽佩刀欲自刺，遂良奪刀以授晉王治。（資治通鑑卷一百九十七）
我們試設想一下，面對著父親、愛妻之先後離世，太宗心中已有萬分的悲傷，加上與之共同打天下的大臣一個接一個的離去，太宗心情之孤獨更是可想而知。他唯一寄望者，乃太子承乾之出人頭地，以及眾皇子的相親相愛（太宗對承乾之寄望可能是他對長孫皇后的愛的一種表現，至於期望眾皇子之相親相愛，此多少激發自太宗在「玄武門之變」中的不快回憶）。然而，到了人生之暮年階段，其所寄望者竟一一落空。承乾被廢、骨肉相殘再次發生，此對太宗來說可謂其僅餘之人生意義之全部失去。人之失其人生意義，其肉體生命對他來說可謂是一累贅、一多餘，蓋人不願做一行屍酒肉之幽靈故。順此而往，我們即可知太宗何以要「自投於床」，何以要「抽佩刀欲自刺」了。
最後，我們且引北宋司馬光之評語以結束本章。司馬光對太宗不立魏王泰而改立晉王李治予以高度的評價，其稱太宗「不以天下大器私其所愛」、「可謂能遠謀矣」。
臣光曰：唐太宗不以天下大器私其所愛，以杜禍亂之原，可謂能遠謀矣！（資治通鑑卷一百九十七）
