牟宗三晚年撰《圓善論》，這是消化儒家和康德的著作。書中特別拿孟子、康德作對比。康德不講思辯形上學，改從道德實踐的角度建立形上學，此固然了不起。可是，他去到自由意志、靈魂不滅、上帝存在，仍只視之為令道德行為得以可能的設準 (Postulate)，不認三者為一真實呈現。其以實踐理性自立法、自頒佈迫逼吾人不得不從事道德行為，自律有餘，卻欠熱度，敢問人從何處生起定然、必然的動力去成聖成賢？難道從所立的冷冰冰的道德律則嗎？牟宗三據此判定康德仍擺脫不了西方尚智的傳統。他的理論要進一步發展，必然是轉入孟子學。孟子講「不忍人之心」是連著「三非」說的，即「非所以內交於孺子之父母也，非所以要譽於鄉黨朋友也，非惡其聲而然也」，此難道不是自由意志？心又帶有情感，情感驅使行動，為成德提供助力。至於靈魂不滅、上帝存在，建基於今世可能德福不一致，由死後來保證，孟子卻覺得人今世藉盡心知性可以知天，修得天爵。中西哲學匯通，論者多矣，但真能指示出一具體方向，並著手開墾者，唯牟宗三而已。
《五十自述》是牟氏的哲學自傳，書中提及人生必經三階段，即生命之在其自己、離其自己及復歸其自己。人自出娘胎，依其本性之所近而行，懵懂而不自覺，謂之「生命之在其自己」，如農夫勤懇在田裡耕作，日出而作，日入而息，便是一例子。及至入學堂讀書，學習不同知識，思考不同抽象的道理，此刻生命開始割裂，一面向外從事認知學習，一面遺下形軀及種種人倫關係未有安頓。這種割裂至其極，可以是形軀陷溺於種種聲色享樂以滿足其自身需要，人亦未能盡該盡的道德責任，繼而喪失家庭溫暖。怖慄感、悲情浮現，標誌著生命有復歸其自己的契機。原來我心中有一念不忍，不忍陷溺於物欲，也不忍冷漠無情地待人，這不忍即可令人改過遷善，盡未盡的責任。
《歷史哲學》也是牟宗三相當精彩的一部書。書中提到「歷史判斷者依辯證直覺之具體解悟對於辯證之理中的事，就其辯證地體現理念之作用或意義而辯證地鑒別之也」、「歷史判斷並非只是現象主義地了解一歷史事象也。若只是如此了解而承認之，如所謂承認既成事實者，則只成經驗主義的知識判斷，而非所謂歷史判斷。」扼要言之，以中國歷史為例，我們不要只看到帝王將相或種種鬥爭、入侵，而是要從事中見理，從東漢黨錮看出仁義一時未被伸張，卻在往後無數的學生運動中逐步推展、實現。由實然看出應然，是牟氏一大洞見，他因此特別欣賞羅夢冊《孔子未王而王論》。
牟宗三哲學內容豐富，今只取若干能理解的，跟大家分享。
