1. 康熙二十三年 (1684 年)，30 歲
泰山 à 蘇州 à 曲阜孔子廟
2. 康熙二十八年 (1689 年)，35
歲
揚州 à 杭州 à 浙江紹興 à 南京 (江寧)
3. 康熙三十八年 (1699 年)，45
歲
桑園 à 高郵州 à 杭州 à 太湖 à 揚州
4. 康熙四十二年 (1703 年)，49
歲
濟南 à 泰山 à 淮安 à 蘇州 à 杭州 à 蘇州 à 南京 (江寧)
5. 康熙四十四年 (1705 年)，51
歲
山東 à 揚州 à 蘇州 à 松江 à 杭州 à 南京 (江寧) à 京口
à 揚州
6. 康熙四十六年 (1707 年)，53
歲
淮安 à 揚州 à 南京 (江寧) à 杭州
細觀其行程，有若干特色：
a. 登泰山顯權威
一巡、四巡皆有登山之舉。
b. 視察河道工程
一巡視察黃河北岸各項險要工程，二巡視察中河 (杭州城市內河)，三巡閱黃河以南各處堤防，四巡至淮安視察河堤，五巡往高家堰 (今淮安市)
遍閱河堤。
c. 尊崇漢人文化
一巡至南京謁明太祖陵，親寫祝文，遣官往祭。到曲阜孔子廟，在大成殿行三跪九叩禮，親書「萬世師表」。二巡抵浙江紹興，祭大禹陵，親撰祭文，行九叩禮，制頌刻石，書額曰「地平天成」。三、四巡祭奠明太祖陵。五巡親赴明太祖陵行禮，兼命江蘇巡撫宋犖主持刊刻《資治通鑑綱目》。
d. 選賢與能、閱兵及赦免罪犯
三巡祭明太祖陵時閱兵。四巡檢閱杭州駐防官兵，並諭示高家堰堤防險人員應選比縣丞職銜稍大，家產殷實者擔任，此等人知自愛身家，且有選用之望，必能盡心防守。五巡在杭州演武場檢閱八旗，在江寧檢閱駐防官兵，赦安徽、江蘇等地死罪以下罪犯，從輕發落，兼在京口檢閱水師。
e. 給予賞賜
四巡對杭州駐防官兵賞賜銀兩。抵江寧祭明太祖陵時，賞賜隨從官兵及駐防兵銀兩。
跟以往隋煬帝下江南不同，二巡抵杭州，民間有人建立碑亭，稱頌德意，康熙帝諭以有損民力，下令停止。他又拒絕多在杭州逗留。三巡下旨：一切供給，由京備辦，勿擾民間。避免擾民過甚，是康熙帝南巡一大原則。《清實錄》有「簡約儀衛，鹵簿不設，扈從者僅三百餘人」可以為證。
不過，地方官員迎來送往，花費畢竟驚人。曹寅任江寧織造，與李煦四次接駕，《紅樓夢》第十六回記趙嬤嬤道：
咱們賈府正在姑蘇揚州一帶監造海舫，修理海塘，只預備接駕一次，把銀子花的像淌海水似的！
還有如今現在江南的甄家，噯喲喲，好勢派！獨他家接駕四次。若不是我們親眼看見，告訴誰誰也不信的。別講銀子成了土泥，憑是世上所有的，沒有不是堆山塞海的，『罪過可惜』四個字竟顧不得了。
《紅樓夢》作者曹雪芹正是曹寅之孫，由此可見康熙帝南巡未必對民間全無滋擾，曹寅晚年卒之負債累累，虧空公家白銀數萬兩。
蕭一山解釋康熙帝屢次南巡原因：
玄燁以黃河屢次衝決，久為民害，欲親至其地，相度形勢，察視堤工。且以東南民情，未盡融合，而故國之思，所在潛萌，思有以震懾之。又欲周知地方風俗，小民生計，故屢舉南巡之典。(《清代通史》第一冊)
王翬、楊晉等以康熙帝南巡為題材，繪有《康熙南巡圖》，是極為珍貴的國寶文物。
