托爾布津未幾違反誓言，率軍重返雅克薩，構築防禦工事。清兵聞訊後，再度施以圍攻，城中俄軍彈盡糧絕，索菲亞 (也譯為蘇菲亞，俄國羅曼諾夫王朝公主，彼得大帝異母姐) 派特使至尼布楚與清朝商討，雙方達成和議，簽訂《尼布楚條約》。
《尼布楚條約》於康熙二十八年 (1689 年) 由俄國全權代表費奧多爾・戈洛溫伯爵，以及清廷全權代表索額圖
(索尼第三子)、佟國綱 (康熙帝舅父)
簽署。條約細節如下：
1. 從黑龍江支流格爾必齊河到外興安嶺直到海，嶺南屬於中國，嶺北屬於俄羅斯。西以額爾古納河為界，南屬中國，北屬俄國，額爾古納河南岸之黑里勒克河口諸房舍，應悉遷移於北岸；
2. 雅克薩屬於中國，拆毀雅克薩城，俄人遷回俄境。兩國獵戶人等不得擅自越境，否則拘捕問罪。十數人以上集體越境須報知兩國皇帝，依罪處以死刑；
3. 此約訂定以前所有一切事情，永作罷論。自兩國永好已定之日起，嗣後有逃亡者，各不收納，並應械繫遣還；
4. 雙方在對方國家的僑民「悉聽如舊」；
5. 兩國人持有往來文票者，允許其邊境貿易；
6. 和好已定，兩國永敦睦誼，自來邊境一切爭執永予廢除，倘各嚴守約章，爭端無自而起。
條約有拉丁文、滿文和俄文版本。自此中俄邊界重新劃定，清朝得到外興安嶺以南、烏蘇里江以東大片土地。
戴逸《簡明清史》：
《尼布楚條約》保障了中國東北邊境一百多年的安定和平，為清王朝後來平定西北、西南地區的叛亂提供了穩定富饒的大後方，對於清朝的發展和繁榮、康乾盛世局面的出現，具有非常關鍵的作用和非常重要的歷史意義。
不過，「英法聯軍之役」期間，俄軍揚言「助華防英」，率兩艘炮艦至璦琿城與黑龍江將軍奕山 (康熙帝十四子胤禵玄孫，鴉片戰爭爆發，代琦善主持廣東軍務，抗英失敗，與義律議和，咸豐五年 1855 年任黑龍江將軍)
談判，要求廢止《尼布楚條約》對兩國邊界的規定。奕山屈服，中俄簽訂《璦琿條約》，時為咸豐八年 (1858 年)。
兩年後的《中俄北京條約》進一步承認《璦琿條約》有效，並把烏蘇里江以東至海之地 (包括庫頁島、不凍港海參崴在內)
共四十萬平方公里永久割讓予俄國，清朝喪失東北地區的出海口。
康熙帝命國史館將清初中俄交涉文檔 (諭旨、奏議、文牘等)
編纂匯集，名為《平定羅剎方略》，凡四卷。羅剎即俄國。書中文件按時間順序編列，一目了然。
