莊廷鑨，浙江烏程南潯富戶，因疾雙目失明，欲效法左丘明，目盲尚為《左傳》，苦於自己所知不多，遂重金購入明朝天啟年間大學士朱國禎所撰的《明書》。《明書》又名《明書輯略》、《明史輯略》，仿照明以前廿一史體裁編寫而成，專記明朝歷史。朱國禎死後，朱家破落，由於貧窮，朱家後人把《明書》書稿以一千兩白銀的價格賣給同鄉莊廷鑨。
廷鑨延攬名士吳炎、潘檉章等，加以編輯及補寫。書中仍奉尊明朝年號，不認清朝為正統，增補明末崇禎一朝事，更直呼努爾哈赤為「奴酋」、清兵為「建夷」。書凡一百餘卷，由李令皙作序，題茅元銘、吳之銘、吳之熔、李濤、茅次萊、吳楚、唐元樓、嚴雲起、蔣麟徵、韋金佑、韋一圍、張篙、董二酉、吳炎、潘檉章、陸圻、查繼佐、范驤等十八人於其上。廷鑨為這部史書投入很大的心血，書未刻成而病死。
廷鑨父親莊允誠心傷愛子之逝，順治十七年 (1660 年) 出資將書刊刻完成。翌年，歸安縣知縣吳之榮告發莊廷鑨私刻明史，莊允誠欲息事寧人，用金銀賄賂吳之榮的上級，同時將有問題的句子改掉，繼續刊刻發行。不料吳之榮買到初刊本，再度告發，事情越鬧越大，竟驚動輔政大臣鰲拜等人。
當時康熙帝年幼，尚未親政，鰲拜責令徹查，並嚴厲處置涉案人士。莊允誠卒之被捕上京，死於獄中。莊廷鑨被掘墓刨棺，梟首碎骨。作序者、校閱者，以及刻書、賣書、藏書者被處死。莊廷鑨弟莊廷鉞被凌遲，全族獲罪。朱家後人朱佑明全家被殺。吳之榮事後分得莊允誠、朱佑明兩家大量財產。
吳炎，字赤溟，號赤民，與潘檉章等結「驚隱詩社」，與顧炎武交誼甚篤。
潘檉章，字聖木，號力田，與吳炎、朱鶴齡友好。明亡後，隱居故里，用功讀書，尤精於史學，著《國史考異》等書。因弟弟潘耒得入顧炎武門牆，潘耒為顧炎武唯一及門弟子。潘耒＜國史考異序＞：
亡兄力田，以著作之才，盛年隱居，潛心史事，與吳赤溟先生搜討論撰，十就六七。亡兄尤博極群書，長於考訂，謂著書之法，莫善於司馬溫公，其為通鑑也，先成長編，別著考異，故少牴牾；李仁甫仿其體為九朝長編，雖無考異之名，而事跡參差者，備載於分注，蓋必如是而後為良史。
此見檉章史才之一斑。
顧炎武作＜書吳潘二子事＞，扼要記錄莊氏史案始末，兼及吳潘二子為人。今鈔全文於下：
先朝之史，皆天子之大臣與侍從之官承命為之，而世莫得見。其藏書之所曰皇史宬，每一帝崩，修《實錄》，則請前一朝之書出，以相對勘，非是莫得見者。人問所傳，止有《太祖實錄》。國初，人樸厚，不敢言朝廷事，而史學因以廢失。正德以後，始有纂為一書附於野史者。大抵草澤之所聞，與事實絕遠，而反行於世。世之不見《實錄》者，從而信之。萬曆中，天子蕩然無諱，於是《實錄》稍稍傳寫流布。至於光宗，而十六朝之事具全。然其卷帙重大，非士大夫累數千金之家，不能購。以是野史日盛，而謬悠之談偏於海內。
蘇之吳江有吳炎、潘檉章二子，皆高才。當國變後，年皆二十以上。並棄其諸生，以詩文自豪。既而曰：「此不足傳也，當成一代史書，以繼遷、固之後。」於是購得《實錄》，復旁搜人家所藏文集奏疏，懷紙吮筆，早夜矻矻。其所手書，盈床滿篋，而其才足以發之。及數年而有聞，予乃亟與之交。二子皆居江村，潘稍近，每出入未嘗不相過。又數年，潘子刻《國史考異》三卷，寄予於淮上，予服其精審。又一年，予往越州，兩過其廬。及予之昌平、山西，猶一再寄書來。
會湖州莊氏難作。莊名廷鑨，目雙盲，不甚通曉古今。以史遷有「左丘失明乃著《國語》」之說，奮欲著書。其居，鄰故閣輔朱公國楨家。朱公嘗取國事，及公卿志狀疏草，命胥鈔錄凡數十帙，未成而卒。廷鑨得之，則招致賓客，日夜編輯為《明書》。書冗雜不足道也。廷鑨死，無子，家貲可萬金。其父允城流涕曰：「吾三子皆已析產，獨中子死無後，吾哀其志，當先刻其書而後為之置嗣。」遂梓行之。慕吳、潘盛名，引以為重，列諸參閱姓名中。
書凡百餘帙，頗有忌諱語。本前人詆斥之辭，未經刪削者。莊氏既巨富，浙人得其書，往往持而恐嚇之，得所欲以去。歸安令吳之榮者，以贓繫獄，遇赦得出。有吏教之買此書，恐嚇莊氏。莊氏欲應之，或曰：「踵此而來，盡子之財不足以給，不如以一訟絕之。」遂謝之榮。之榮告諸大吏，大吏右莊氏，不直之榮。之榮入京師，摘忌諱語，密奏之。四大臣大怒，遣官至杭，執莊生之父，及其兄廷鉞及弟姪等，並列名於書者十八人，皆論死。其刻書鬻書，並知府推官之不發覺者，亦坐之。發廷鑨之墓，焚其骨，籍沒其家產。所殺七十餘人，而吳、潘二子與其難。
當鞫訊時，或有改辭以求脫者。吳子獨慷慨大罵，官不能堪，至拳踢仆地。潘子以有母故，不罵亦不辨。其平居孝友篤厚，以古人自處，則兩人同也。予之適越，過潘子。時余甥徐公肅，新狀元及第。潘子規余，慎無以甥貴，稍貶其節，余謝不敢。二子少余十餘歲，而予視為畏友，以此也。方莊生作書時，屬客延予，一至其家。予薄其人不學，竟去，以是不列名，獲免於難。二子所著書若干卷，未脫稿，又假予所蓄書千餘卷，盡亡。
予不忍二子之好學篤行而不傳於後也，故書之。且其人實史才，非莊生者流也。
吳、潘二子遇害，《明書》亦絕跡於後世，此誠為天地間一大憾事！以政治壓倒學術，摧毀學術，後人觀之，益見學術自由之可貴。
不過，有一點必須指出，莊氏史案發生於康熙帝未親政前。他親政後，對漢人知識分子、對文化學術是高度尊崇的，故有熊賜履、李光地等理學名臣。
當然，對顧炎武來說，清朝的確殺死吳、潘二子，亦為一無合法性之政權，故他始終不應博學鴻詞科。
可是，吾人審視清史，以為清朝對漢人諸多壓迫，不尊重漢文化，未免不合史實。實情是，揚州等地的屠城出自多爾袞，科場案是順治帝矯枉過正，「江南三大案」跟江蘇巡撫朱國治有關，莊氏史案是鰲拜的手筆，無一清朝皇帝是歧視漢人而憎惡漢文化。與遼、金、元相似，清朝始終優禮漢人知識分子，也樂於吸收、消化漢文化。
