多爾袞一面勒令八旗子弟不准搶劫，一面大肆屠殺明皇室及遺臣。薙髮易服出台，激起民間反抗，他不得不宣告暫緩。福臨在登基儀式上把多爾袞的官銜由「攝政王」升為「皇叔父攝政王」(未幾再升「皇父攝政王」)，可見其身份尊貴，權傾天下。
《大清世祖章皇帝實錄》：
皇考命叔父攝政王征討元裔察哈爾國，俘其后妃世子，遷其邦族，獲制誥玉寶。又隨皇考徵朝鮮，率領水師破江華島，盡擄其國王眷屬，遂平朝鮮。各處征伐，皆叔父倡謀出奇，攻城必克，野戰必勝。叔父幼而正直，義無隱情，體國忠貞，助成大業。皇考特加愛重，賜以寶冊，先封和碩睿王，又輔朕登極，佐理朕躬。歷思功德高於周公。昔周公奉武王遺命，輔立成王，代理國政，盡其忠孝，亦皆武王已成之業。我皇考上賓之時。宗室諸王，人人覬覦，有援立叔父之謀。叔父堅誓不從。念先皇殊常隆遇，一心殫忠，精誠為國。又念祖宗創業艱難，克彰大義，將宗室不軌者，盡行處分。以朕係文皇帝子，不為幼沖，翊戴擁立，國賴以安。及乎明國失紀，流賊竊位，播惡中原，叔父又率領大軍入山海關，破賊兵二十萬，遂取燕京，撫定中夏，迎朕來京，膺受大寶。此皆周公所未有而叔父過之。碩德豐功，實宜昭揭於天下。用加崇號，封為「叔父攝政王」，錫之冊寶，式昭寵異。
科舉考試雖被恢復，但八旗子弟獲准圈佔農業用地，令不少漢人地主淪為佃戶，加劇滿漢矛盾。多爾袞強硬對付江南，尤其種下漢人對滿清的仇恨。流寇集團、南明政權先後敗亡，反清復明之聲仍舊此起彼落，全因多爾袞。
多爾袞取消「三餉」(遼餉、剿餉、練餉)，獎勵告發貪官污吏的人、參酌明律制訂大清律，堪稱善政。惟其尚奢華，據說他的府第「翬飛鳥革，虎踞龍蟠，不惟淩空掛鬥，與帝座相同，而金碧輝煌，雕鏤奇異，尤有過之者」(《皇清奏議》，轉引自白壽彝主編《中國通史》)，隨著福臨年紀漸長，其對多爾袞越來越不滿。
據《多爾袞攝政日記》，多爾袞入關後「機務日繁，疲於裁應，頭昏目脹，體中時復不快」。《清世祖實錄》記順治四年開始，多爾袞風疾加重，跪拜不便。健康走下坡，連帶身心煩燥，容易動怒。他卒之在一次狩獵途中墮馬，意外身亡。
多爾袞死後，濟爾哈朗得勢。濟爾哈朗是舒爾哈齊第六子，努爾哈赤之姪，曾參與松錦之戰。他宣佈十三歲的福臨親政，同時指控多爾袞僭越皇權。多爾袞被追奪封號、掘墓，其黨羽也遭肅清。攝政時代告一段落。
