《大乘起信論》相傳是馬鳴菩薩依據《楞伽經》所造，由真諦翻譯。
然而，牟宗三認為：
「(《起信論》)
其實是真諦三藏所造的。真諦三藏是梁大同年間，從印度來的僧人，在中國弘揚唯識思想。《大乘起信論》被標為是馬鳴菩薩所造，其實這是假托菩薩之名，以增加論典之權威性。至於被標為是真諦譯，其實據我看就是真諦所造；當然不一定只是真諦一個人所造，也許有許多中國和尚幫他的忙。何以能推測《大乘起信論》是真諦三藏所造？因為真諦三藏的思想就是想融攝阿賴耶於如來藏的，而《大乘起信論》正是這種融攝之充分的完整的展示。」(《中國哲學十九講》)
真諦弘揚無著《攝大乘論》，特別提一清淨的阿摩羅識，以轉化染污的阿賴耶識。前者可轉化後者，即具一能動性、主宰性，即是心。又阿賴耶識是被轉化者，其明顯與阿摩羅識為異質之兩層。真諦雖未正面提出「自性清淨心」，但已為「自性清淨心」概念鋪路。「相州北道派」跟真諦看法相契，則《起信論》乃攝論宗、地論宗思想成熟的歸宿。
按照唯識宗的理論，阿賴耶識是第一義的，為一虛妄生滅識，生一切世間法。《起信論》提出之如來藏系統，部份贊同唯識宗立場，卻將阿賴耶識置於次一等的地位，第一義為「如來藏自性清淨心」。
牟宗三解釋「如來藏自性清淨心」：
「自性既是清淨，則非虛妄染污，所以是屬真常心。真是真實不虛，常是恆常不變。依佛教而言，此即是『智心』。而『智心』乃是由『識心』對翻而來的」(同上書)。
他因此說：
「由唯識宗的阿賴耶系統推進至《大乘起信論》的真常心系統，這種推進乃是佛教內部教義的發展中，必然要出現的一種推進。因為順著阿賴耶識系統中問題的展現，自然會逼顯出『如來藏自性清淨心』的思想系統。」(同上書)
在《佛性與般若》中，牟宗三對《起信論》的義理間架作出了更精準的概括：
「《起信論》是典型的『真心為主虛妄熏習是客』的系統 (筆者案：唯識宗是『以阿賴耶為主、正聞熏習為客』的系統)。順阿賴耶系統中無漏種底問題
(正聞熏習是客)，我們似乎必須要通過一超越的分解而肯定一超越的真心，而此真心不可以種子論。由此真心為唯一的根源，在實踐中說明一切流轉法與還滅法之可能，即是說，一切法皆以此真心為依止；同時，並說明成佛底真實可能之超越根據，以及頓悟底超越根據，乃至一乘究竟非三乘究竟底真實可能之超越的根據。此一系統既是一系統，當然須通過一分解來展示；但此分解卻是一超越的分解，而不是如以阿賴耶為中心者之只為經驗的分解或心理學的分解。此一通過一超越的分解而成的系統，通常名之曰『如來藏緣起』。超越的真心即『如來藏自性清淨心』也。」
扼要言之，唯識宗以「正聞熏習」作為人「轉識成智」、「成佛」之關鍵，但它同時主張阿賴耶識乃兼染淨善惡而為無記
(無法區分其特性)，阿賴耶識無法提供定然、必然的動力讓人持續修行，變相暗示成佛得不到先天的保證。
唯識宗此一理論困難，必須「通過一超越的分解而肯定一超越的真心」來解決。
所謂「超越的分解」，英文是 transcendental
analytic，來自康德哲學。劃開經驗層及超驗層。世間法屬經驗層，阿賴耶識是經驗的心靈。不過，阿賴耶識並非最終極，它是「如來藏自性清淨心」為無明所覆蓋之結果
(「以一切心識之相皆是無明，無明之相，不離覺性......眾生自性清淨心，因無明風動，心與無明俱無形相，不相捨離」)。「如來藏自性清淨心」超離經驗界，卻對經驗界起作用，故屬超驗層，是「超越的真心」。
《起信論》的如來藏系統使人可藉自覺化去無明，阿賴耶識得被轉化以生出還滅法
(即清淨法)，「如來藏自性清淨心」可作為人修行的動力源，不如唯識宗的阿賴耶識軟弱無力。成佛因而得被先天地保證，後天的修行工夫不致徒勞無功。
支那內學院的歐陽竟無、呂秋逸等人，本乎唯識宗立場，拼命攻擊《起信論》，未免困於門戶之見。
