這場鼠疫，令東華醫院嚴重受挫，同時也觸發了華洋之間的衝突。
東華醫院腹背受敵
首批患者中，有好幾位曾入住東華醫院，院方卻並未發現他們染病，做好檢疫隔離措施。政府醫官介入後，發現東華病人登記資料不齊全，擔心疫情會迅速擴散，遂決定將所有病人送上檢疫船「海之家號」(Hygeia，由西醫監督) 隔離。
病人對隔離安排甚為抗拒，港府作出讓步，允許東華醫師上船應診。
然而，醫師在船上診症時，往往受到西醫掣肘。東華董事局的保守派人士認為，港府做法有損醫院自主。
尤其甚者，港府派男性檢查人員逐戶搜尋病人，且拆毀上環太平山街一整列房屋，令華人覺得閨中婦女隱私被侵犯，既得利益受到傷害。適值東華要與港府合作處理鼠疫問題，華人於是將滿腔鬱結發洩在東華身上。
5 月 20 日，東華主席劉渭川在前往醫院途中，遭到暴民襲擊，由此可見當時群情之洶湧。
放寬檢疫措施爭拗
在華人不滿呼聲日益高漲下，港府同意東華病人不須再送上檢疫船，改為送往堅尼地城臨時醫院隔離。
可是，臨時醫院仍舊採取西醫方法檢疫，令華人深感厭惡。其紛紛遷到鄰近的廣州逃避，致使東華醫院需向港府要求放寬檢疫措施。
惜乎東華的訴求無法得到港督威廉‧羅便臣正面回應 (威廉‧羅便臣指香港是英國殖民地，理應用西醫方法檢疫)。未幾，廣州有人造謠，指香港的西醫殘害病人，包括：
(1) 醫生剖開孕婦肚子，剜出嬰兒的眼睛製藥；
(2) 政府計劃從本地學校挑選兒童，施手術摘取他們的肝臟以獲得膽汁，因為膽汁是唯一能治鼠疫之物；
港督呼籲市民切勿聽信這種「荒誕無稽的謠言」，促請英國駐廣州領事、兩廣總督李瀚章協助闢謠。不料李瀚章反而建議港府應該批准病者移居大陸。
港府卒之妥協。6 月 13 日，首批病人抵達中國。6 月 30 日，清廷在華界設立荔枝角醫院。因該院不設西醫，華人較為受落。港府後來將病人移送至此。
鼠疫觸發華洋衝突
詳細登記病人病歷、做好檢疫隔離措施，需要對西方健康衛生觀念有若干認知。東華醫院成立以來，一直提倡中醫中藥，創院總理又多為廣東南來華商，其不了解、不依從西式醫院做法，實屬情有可原。
奈何鼠疫擴散速度快，迫使港府不得不採取果斷、有效的防制措施。當時西方醫學界普遍相信「疫症爆發源於居住環境擠擁及衛生情況惡劣」(直至 19 世紀末細菌學革命後，醫學界才發現傳染病由帶菌者傳染，與環境、氣候無干)，港府因此下令軍隊進屋搜查，移走及焚化屍體，把病者隔離在「海之家號」。
東華醫師獲邀上船，已表現出港府對華人最大的尊重。不過，從治療效果及速度上看，中醫遠不如西醫般顯著、快速。據此，西醫在船上不時提點，甚至干預東華醫師診症，未嘗不可被諒解，非故意損害東華醫院之自主也 (換句話說，東華董事局的保守派看法不準確)。
誠然，港府能事先做好知會和溝通工作，東華內部反對聲音或會減少。但縱使如此，病人長期對強調消毒和手術的西醫心存誤解，加上堅持「男女授受不親」等傳統價值觀、痛恨港府戕賊其既得利益 (拆毀其屋宇)，這始終會令不滿呼聲此起彼落。除非西醫全面普及、傳統觀念遭打破、港府給予足夠補償，否則華人不合作必定出現。
港府將東華病人改送堅尼地城臨時醫院，用心良苦，卻「治標不治本」，無助舒緩華人怨憤。
東華要求放寬檢疫措施，乃站在病人立場講說話，未嘗有錯。只是，從盡快控制疫潮的角度、從減少香港整體損失的角度，威廉‧羅便臣的回應亦有其道理 (謂威廉‧羅便臣的回應是白人至上、殖民宗主心態作祟，未免失於膚淺)。
事情發展到這個地步，基本上已上升至政治衝突層面，猶如高馬可所言：「在華人眼中，政府的政策極具侵擾性，他們對之的反抗既理性，又與其他殖民地和非殖民地社會的反應大同小異。」
政治衝突之消解，取決於任何一方有沒有破局的條件。華洋衝突以港府進一步妥協告終，關鍵是華人得到第三勢力 - 清廷 (李瀚章) 的支持。
結語
華人雖在政治角力上稍勝一籌，徹底根治鼠疫者，仍然是港府。
鼠疫過後，中醫治療被政府醫官大肆韃伐，斥之為江湖騙術。
部份醫官要求關閉東華醫院，為殖民地部所反對。東華不久被重新整頓，開始提供西醫服務，並在 1897 年設立「掌院」(由華人擔任) 一職，專門監督院內環境衛生。
潔淨局方面，威廉‧羅便臣本來以「鼠疫期間表現欠佳，未能有效控制疫情擴散」為理由，打算廢除之。礙於選民們、立法局內非官守議員反對，未能成事。
[主要參考資料]
1. 徐承恩，《城邦舊事：十二本書看香港本土史 (修訂版)》。
2. 高馬可 (John M. Carroll)，《香港簡史》(A Concise History of Hong Kong)。
